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秋雨子

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1578.8
散金: 13
帖子: 163
在线: 78.2小时
虫号: 1027042
注册: 2010-05-24
专业: 理论环境化学

[求助] homo和lumo批量提取的脚本

最近在弄一批分子，一万个左右，想提取其中的homo和lumo能量值，但是发现很难实现，因为才接触脚本半年，还是自学的，所以搞不定了，有哪位大侠给个小脚本？我只会一点shell，提取个Energy还行，homo和lumo不好提取，若可以分享一下不胜感激！

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To the time to life, rather than to life in time

1楼 2011-12-05 22:47:40

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

asaka

银虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 392.2
红花: 2
帖子: 36
在线: 35.5小时
虫号: 1369381
注册: 2011-08-16
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 2011-12-11 20:11:12

上面的帖子不能修改。稍微修改了一下程序，
速度快一点，另外避免了数据多于255个时python出错的情况。

CODE:

#!/bin/sh

block='Population'

eigen='eigenvalues'

occst='occ'

virst='vir'

sepst='--'

for file in $*; do

  grep "\($block\|$eigen\)" $file > tmp

  while read line; do

    case $line in

      *$block*)

        eocc='' ;

        evir='' ;;

      *$occst*)

        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst//"` ;

        eocc="$eocc $data" ;;

      *$virst*)

        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst//"` ;

        evir="$evir $data" ;;

    esac

  done < tmp

  rm tmp

  echo "File : $file"

  data=`echo $eocc | sed "s/ /,/g"`

  [ ! -z "$data" ] && echo "  HOMO :" `python -c "print max(($data))"`

  data=`echo $evir | sed "s/ /,/g"`

  [ ! -z "$data" ] && echo "  LUMO :" `python -c "print min(($data))"`

done