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[交流]
【解决】讨论，siesta中作HOMO 与LUMO图的方法
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第一种是用denchar， 但是存在问题是denchar会给出你所有的波函数，需要一个个查看 第二种是用LDOS， 计算在Fermi level 附近的能量的电子分布，转换成*。XSF 查看，但是不能确定具体的LUMO和HOMO的具体位置 大家都用哪种？ [ Last edited by minmin_0082003 on 2011-3-2 at 09:20 ] |
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2楼2011-02-24 15:26:57
3楼2011-02-24 18:19:27
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
youzhizhe(金币+3): 谢谢交流。 2011-02-24 19:52:03
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
youzhizhe(金币+3): 谢谢交流。 2011-02-24 19:52:03
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用你这个方法也行。不过怎么可能HOMO是19，LUMO是23呢？计算一下你的体系里面有多少电子，按照你体系的自旋简并情况，就知道HOMO，LUMO的位置了。 我不清楚你是不是你的格式不对的原因。 %block WaveFuncKPoints 0.000 0.000 0.000 19 23 # Gamma wavefuncs 3 4 %endblock WaveFuncKPoints 我写的话，我会这样写： %block WaveFuncKPoints 0.000 0.000 0.000 from 19 to 23 # Gamma wavefuncs 3 4 %endblock WaveFuncKPoints 加上一个from to 手册上有这个，所以要按照手册来好些！我不清楚你的那个写法管不管用，起码我没用过。我这样写的，都可以的。 |
4楼2011-02-24 19:24:17
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貌似还是不对，一个波函数都没了，如果有时间帮我看一眼，如果我找出错误了，会立刻贴在后面的 SystemName H2O # Descriptive name of the system SystemLabel H2O # Short name for naming files NumberOfAtoms 3 # Number of atoms NumberOfSpecies 2 # Number of species %block Chemical_Species_Label 1 8 O-wc 2 1 H_wc_lya %endblock Chemical_Species_Label # Lattice, coordinates, k-sampling AtomicCoordinatesFormat Ang %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 3.50499483 4.43907340 4.99999972 1 1 O-wc 4.48480041 4.48209231 4.99999999 2 2 H_wc_lya 3.22063236 5.37726685 4.99999999 2 3 H_wc_lya %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies LatticeConstant 1.0 Ang %block LatticeVectors 10.0000000 0.00000000 0.00000000 0.00000000 10.00000 0.00000000 0.00000000 0.00000 10.0 %endblock LatticeVectors %block WaveFuncKPoints 0.000 0.000 0.000 from 4 to 5 %endblock WaveFuncKPoints PAO.EnergyShift 10 meV # Spin SpinPolarized .true. # DFT, Grid, SCF XC.functional GGA # Exchange-correlation functional type XC.authors WC # Particular parametrization of xc func MeshCutoff 200. Ry # Equivalent planewave cutoff for the grid MaxSCFIterations 200 # Maximum number of SCF iterations per step DM.MixingWeight 0.05 # New DM amount for next SCF cycle DM.Tolerance 1.d-4 # Tolerance in maximum difference # between input and output DM DM.NumberPulay 3 # Number of SCF steps between pulay mixing Denchar.TypeOfRun 3D Denchar.PlotCharge .true. #Denchar.PlotWaveFunction .true. Denchar.PlaneGeneration threePoints %block Denchar.Coor3Points 3.50499483 4.43907340 4.99999972 4.48480041 4.48209231 4.99999999 3.22063236 5.37726685 4.99999999 %endblock Denchar.Coor3Points Denchar.DensityUnits Ele/Ang**3 Denchar.CoorUnits Ang Denchar.MinX -20.0 bohr # Minimum coordinate of the window in X-dir Denchar.MaxX 30.0 bohr # Maximum coordinate of the window in X-dir Denchar.MinY -20.0 bohr # Minimum coordinate of the window in Y-dir Denchar.MaxY 20.0 bohr # Maximum coordinate of the window in Y-dir Denchar.MinZ -20.0 bohr # Minimum coordinate of the window in Z-dir Denchar.MaxZ 30.0 bohr # Maximum coordinate of the window in Z-dir Denchar.NumberPointsX 80 # Number of points in X-axis Denchar.NumberPointsY 80 # Number of points in Y-axis Denchar.NumberPointsZ 80 # Number of points in Z-axis # Eigenvalue problem: order-N or diagonalization SolutionMethod diagon # OrderN or Diagon ElectronicTemperature 5 K # Temp. for Fermi smearing # Molecular dynamics and relaxations MD.TypeOfRun CG # Type of dynamics: MD.NumCGsteps 800 # Output options WriteEigenvalues .true. WriteMullikenPop 1 # Write Mulliken Population Analysis WriteCoorXmol .true. COOP.write .true. # Options for saving/reading information SaveRho .true. # Write valence pseudocharge at the mesh SaveDeltaRho .false. # Write RHOscf-RHOatm at the mesh SaveElectrostaticPotential .false. # Write the total elect. pot. at the mesh SaveTotalPotential .false. # Write the total pot. at the mesh WriteSiestaDim .true. # Write minimum dim to siesta.h and stop WriteDenchar .true. # Write information for DENCHAR |
5楼2011-02-25 09:47:56
6楼2011-02-25 09:49:47
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-03-01 14:11:30
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zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-03-01 14:11:30
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WriteWaveFunctions T WaveFuncKPointsScale ReciprocalLatticeVectors %block WaveFuncKPoints 0.000 0.000 0.000 from 1 to 14 %endblock WaveFuncKPoints 这个是在siesta计算的fdf文件中设置的。然后计算的结果再用denchar处理。denchar有自己的输入文件。WriteWaveFunctions T 你是不是忘记了写这一个选项啊。 具体的关于波函数的设置请参照使用手册3.0-b来说是60页。也就是6.13小节。里面有很细节的讲述。另外注意波函数的输出只有用diagon的时候才可以用。OderN是不行的。 |
7楼2011-03-01 13:41:59
8楼2011-03-01 14:23:49
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