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[交流] 【解决】讨论，siesta中作HOMO 与LUMO图的方法

第一种是用denchar，但是存在问题是denchar会给出你所有的波函数，需要一个个查看
第二种是用LDOS，计算在Fermi level 附近的能量的电子分布，转换成*。XSF 查看，但是不能确定具体的LUMO和HOMO的具体位置
大家都用哪种？

[ Last edited by minmin_0082003 on 2011-3-2 at 09:20 ]

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1楼 2011-02-24 14:30:31

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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2011-02-24 15:26:57:
谁说denchar会给出所有的波函数？你可以在输入文件中设置要计算那些轨道的。提前数好了，你的HOMO,LUMO是哪几条，不就OK了！
请看一下WaveFuncKPoints的用法。

你说的这个定义，我是已经定义过了
不过也有可能是数错了
我首先是做一下优化，看的*.EIG 里面的能量，因为我只要Gamma点，所以没有考虑其他的，我认为的HOMO是小于费米能级的所有数中最大的一个，而HOMO是大于费米能级中最小的一个数。然后我就开始数这两个数的位置，假设这两个数排在第19位与23位，那我该这样定义
%block WaveFuncKPoints
0.000 0.000 0.000 19 23 # Gamma wavefuncs 3 4
%endblock WaveFuncKPoints
对吧？嘿嘿

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3楼2011-02-24 18:19:27

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zhangguangping

木虫 (著名写手)

★
minmin_0082003(金币+10): 2011-02-24 18:19:44
zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-02-25 12:07:08

引用回帖:

Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-24 07:30:31:
第一种是用denchar，但是存在问题是denchar会给出你所有的波函数，需要一个个查看
第二种是用LDOS，计算在Fermi level 附近的能量的电子分布，转换成*。XSF 查看，但是不能确定具体的LUMO和HOMO的具体位置
大 ...

谁说denchar会给出所有的波函数？你可以在输入文件中设置要计算那些轨道的。提前数好了，你的HOMO,LUMO是哪几条，不就OK了！
请看一下WaveFuncKPoints的用法。

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2楼2011-02-24 15:26:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
youzhizhe(金币+3): 谢谢交流。 2011-02-24 19:52:03

引用回帖:

Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-24 11:19:27:
你说的这个定义，我是已经定义过了
不过也有可能是数错了
我首先是做一下优化，看的*.EIG 里面的能量，因为我只要Gamma点，所以没有考虑其他的，我认为的HOMO是小于费米能级的所有数中最大的一个，而HOMO是大 ...

用你这个方法也行。不过怎么可能HOMO是19，LUMO是23呢？计算一下你的体系里面有多少电子，按照你体系的自旋简并情况，就知道HOMO，LUMO的位置了。
我不清楚你是不是你的格式不对的原因。
%block WaveFuncKPoints
0.000 0.000 0.000 19 23 # Gamma wavefuncs 3 4
%endblock WaveFuncKPoints
我写的话，我会这样写：
%block WaveFuncKPoints
0.000 0.000 0.000 from 19 to 23 # Gamma wavefuncs 3 4
%endblock WaveFuncKPoints

加上一个from to
手册上有这个，所以要按照手册来好些！我不清楚你的那个写法管不管用，起码我没用过。我这样写的，都可以的。

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4楼2011-02-24 19:24:17

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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2011-02-24 19:24:17:
用你这个方法也行。不过怎么可能HOMO是19，LUMO是23呢？计算一下你的体系里面有多少电子，按照你体系的自旋简并情况，就知道HOMO，LUMO的位置了。
我不清楚你是不是你的格式不对的原因。
%block WaveFuncKPoi ...

貌似还是不对，一个波函数都没了，如果有时间帮我看一眼，如果我找出错误了，会立刻贴在后面的
SystemName H2O       # Descriptive name of the system
SystemLabel  H2O    # Short name for naming files

NumberOfAtoms          3       # Number of atoms
NumberOfSpecies       2          # Number of species

%block Chemical_Species_Label
  1 8 O-wc
  2 1 H_wc_lya
%endblock Chemical_Species_Label

# Lattice, coordinates, k-sampling

AtomicCoordinatesFormat  Ang

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
3.50499483 4.43907340 4.99999972 1    1  O-wc
4.48480041 4.48209231 4.99999999 2    2  H_wc_lya
3.22063236 5.37726685 4.99999999 2    3  H_wc_lya
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant    1.0 Ang
%block LatticeVectors
10.0000000 0.00000000 0.00000000
0.00000000 10.00000 0.00000000
0.00000000 0.00000 10.0
%endblock LatticeVectors

%block WaveFuncKPoints
0.000 0.000 0.000 from 4 to 5
%endblock WaveFuncKPoints

PAO.EnergyShift       10 meV

# Spin

SpinPolarized       .true.

# DFT, Grid, SCF

XC.functional          GGA       # Exchange-correlation functional type
XC.authors             WC       # Particular parametrization of xc func
MeshCutoff             200. Ry    # Equivalent planewave cutoff for the grid
MaxSCFIterations       200       # Maximum number of SCF iterations per step
DM.MixingWeight       0.05       # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-4    # Tolerance in maximum difference
                                 # between input and output DM
DM.NumberPulay       3          # Number of SCF steps between pulay mixing

Denchar.TypeOfRun 3D
Denchar.PlotCharge .true.
#Denchar.PlotWaveFunction .true.
Denchar.PlaneGeneration threePoints
%block Denchar.Coor3Points
3.50499483 4.43907340 4.99999972
4.48480041 4.48209231 4.99999999
3.22063236 5.37726685 4.99999999
%endblock Denchar.Coor3Points
Denchar.DensityUnits Ele/Ang**3
Denchar.CoorUnits Ang
Denchar.MinX       -20.0  bohr    # Minimum coordinate of the window in X-dir
Denchar.MaxX       30.0  bohr    # Maximum coordinate of the window in X-dir

Denchar.MinY       -20.0  bohr    # Minimum coordinate of the window in Y-dir
Denchar.MaxY       20.0  bohr    # Maximum coordinate of the window in Y-dir

Denchar.MinZ       -20.0  bohr    # Minimum coordinate of the window in Z-dir
Denchar.MaxZ       30.0  bohr    # Maximum coordinate of the window in Z-dir

Denchar.NumberPointsX    80       # Number of points in X-axis
Denchar.NumberPointsY    80       # Number of points in Y-axis
Denchar.NumberPointsZ    80       # Number of points in Z-axis

# Eigenvalue problem: order-N or diagonalization

SolutionMethod       diagon    # OrderN or Diagon
ElectronicTemperature 5 K       # Temp. for Fermi smearing

# Molecular dynamics and relaxations

MD.TypeOfRun          CG       # Type of dynamics:
MD.NumCGsteps          800

# Output options

WriteEigenvalues       .true.
WriteMullikenPop       1          # Write Mulliken Population Analysis
WriteCoorXmol          .true.
COOP.write             .true.
# Options for saving/reading information

SaveRho                .true.    # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho          .false.    # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential .false. # Write the total elect. pot. at the mesh
SaveTotalPotential    .false.    # Write the total pot. at the mesh
WriteSiestaDim       .true.    # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar          .true.    # Write information for DENCHAR

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5楼2011-02-25 09:47:56

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minmin_0082003

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