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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【解决】讨论，siesta中作HOMO 与LUMO图的方法
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

[交流] 【解决】讨论，siesta中作HOMO 与LUMO图的方法

第一种是用denchar， 但是存在问题是denchar会给出你所有的波函数，需要一个个查看
第二种是用LDOS， 计算在Fermi level 附近的能量的电子分布，转换成*。XSF 查看，但是不能确定具体的LUMO和HOMO的具体位置
大家都用哪种？

[ Last edited by minmin_0082003 on 2011-3-2 at 09:20 ]
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1楼2011-02-24 14:30:31
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
minmin_0082003(金币+10): 2011-02-24 18:19:44
zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-02-25 12:07:08
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-24 07:30:31:
第一种是用denchar， 但是存在问题是denchar会给出你所有的波函数，需要一个个查看
第二种是用LDOS， 计算在Fermi level 附近的能量的电子分布，转换成*。XSF 查看，但是不能确定具体的LUMO和HOMO的具体位置
大 ...

谁说denchar会给出所有的波函数？你可以在输入文件中设置要计算那些轨道的。提前数好了，你的HOMO,LUMO是哪几条，不就OK了！
请看一下WaveFuncKPoints的用法。
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2楼2011-02-24 15:26:57
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-02-24 15:26:57:
谁说denchar会给出所有的波函数？你可以在输入文件中设置要计算那些轨道的。提前数好了，你的HOMO,LUMO是哪几条，不就OK了！
请看一下WaveFuncKPoints的用法。

你说的这个定义，我是已经定义过了
不过也有可能是数错了
我首先是做一下优化，看的*.EIG 里面的能量，因为我只要Gamma点，所以没有考虑其他的，我认为的HOMO是小于费米能级的所有数中最大的一个，而HOMO是大于费米能级中最小的一个数。然后我就开始数这两个数的位置，假设这两个数排在第19位与23位，那我该这样定义
%block WaveFuncKPoints
0.000 0.000 0.000 19 23 # Gamma wavefuncs 3 4
%endblock WaveFuncKPoints
对吧？嘿嘿
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3楼2011-02-24 18:19:27
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
youzhizhe(金币+3): 谢谢交流。 2011-02-24 19:52:03
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-24 11:19:27:
你说的这个定义，我是已经定义过了
不过也有可能是数错了
我首先是做一下优化，看的*.EIG 里面的能量，因为我只要Gamma点，所以没有考虑其他的，我认为的HOMO是小于费米能级的所有数中最大的一个，而HOMO是大 ...

用你这个方法也行。不过怎么可能HOMO是19，LUMO是23呢？计算一下你的体系里面有多少电子，按照你体系的自旋简并情况，就知道HOMO，LUMO的位置了。
我不清楚你是不是你的格式不对的原因。
%block WaveFuncKPoints
0.000 0.000 0.000 19 23 # Gamma wavefuncs 3 4
%endblock WaveFuncKPoints
我写的话，我会这样写：
%block WaveFuncKPoints
0.000 0.000 0.000 from 19 to 23    # Gamma wavefuncs 3 4
%endblock WaveFuncKPoints

加上一个from to
手册上有这个，所以要按照手册来好些！我不清楚你的那个写法管不管用，起码我没用过。我这样写的，都可以的。
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4楼2011-02-24 19:24:17
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-02-24 19:24:17:
用你这个方法也行。不过怎么可能HOMO是19，LUMO是23呢？计算一下你的体系里面有多少电子，按照你体系的自旋简并情况，就知道HOMO，LUMO的位置了。
我不清楚你是不是你的格式不对的原因。
%block WaveFuncKPoi ...

貌似还是不对，一个波函数都没了，如果有时间帮我看一眼，如果我找出错误了，会立刻贴在后面的
SystemName   H2O        # Descriptive name of the system
SystemLabel  H2O       # Short name for naming files

NumberOfAtoms           3          # Number of atoms
NumberOfSpecies         2            # Number of species

%block Chemical_Species_Label
  1    8    O-wc
  2    1    H_wc_lya
%endblock Chemical_Species_Label


# Lattice, coordinates, k-sampling

AtomicCoordinatesFormat  Ang

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
    3.50499483    4.43907340    4.99999972   1       1  O-wc
    4.48480041    4.48209231    4.99999999   2       2  H_wc_lya
    3.22063236    5.37726685    4.99999999   2       3  H_wc_lya
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant     1.0 Ang
%block LatticeVectors
10.0000000    0.00000000    0.00000000
0.00000000   10.00000    0.00000000
0.00000000   0.00000   10.0
%endblock LatticeVectors

%block WaveFuncKPoints
0.000   0.000    0.000   from 4 to 5
%endblock WaveFuncKPoints


PAO.EnergyShift         10 meV

# Spin

SpinPolarized         .true.

# DFT, Grid, SCF

XC.functional           GGA         # Exchange-correlation functional type
XC.authors              WC         # Particular parametrization of xc func
MeshCutoff              200. Ry     # Equivalent planewave cutoff for the grid
MaxSCFIterations        200         # Maximum number of SCF iterations per step
DM.MixingWeight         0.05         # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance            1.d-4       # Tolerance in maximum difference
                                    # between input and output DM
DM.NumberPulay          3           # Number of SCF steps between pulay mixing

Denchar.TypeOfRun 3D
Denchar.PlotCharge .true.
#Denchar.PlotWaveFunction .true.
Denchar.PlaneGeneration threePoints
%block Denchar.Coor3Points
    3.50499483    4.43907340    4.99999972
    4.48480041    4.48209231    4.99999999
    3.22063236    5.37726685    4.99999999
%endblock Denchar.Coor3Points
Denchar.DensityUnits Ele/Ang**3
Denchar.CoorUnits Ang
Denchar.MinX        -20.0  bohr     # Minimum coordinate of the window in X-dir
Denchar.MaxX        30.0  bohr     # Maximum coordinate of the window in X-dir

Denchar.MinY        -20.0  bohr     # Minimum coordinate of the window in Y-dir
Denchar.MaxY        20.0  bohr     # Maximum coordinate of the window in Y-dir

Denchar.MinZ         -20.0  bohr     # Minimum coordinate of the window in Z-dir
Denchar.MaxZ        30.0  bohr     # Maximum coordinate of the window in Z-dir

Denchar.NumberPointsX       80         # Number of points in X-axis
Denchar.NumberPointsY       80        # Number of points in Y-axis
Denchar.NumberPointsZ       80         # Number of points in Z-axis

# Eigenvalue problem: order-N or diagonalization

SolutionMethod          diagon      # OrderN or Diagon
ElectronicTemperature   5 K        # Temp. for Fermi smearing

# Molecular dynamics and relaxations

MD.TypeOfRun             CG          # Type of dynamics:
MD.NumCGsteps            800

# Output options

WriteEigenvalues        .true.
WriteMullikenPop         1            # Write Mulliken Population Analysis
WriteCoorXmol           .true.
COOP.write              .true.
# Options for saving/reading information

SaveRho                 .true.      # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho            .false.      # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential .false.   # Write the total elect. pot. at the mesh
SaveTotalPotential      .false.      # Write the total pot. at the mesh
WriteSiestaDim          .true.      # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar            .true.      # Write information for DENCHAR
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5楼2011-02-25 09:47:56
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-02-24 19:24:17:
用你这个方法也行。不过怎么可能HOMO是19，LUMO是23呢？计算一下你的体系里面有多少电子，按照你体系的自旋简并情况，就知道HOMO，LUMO的位置了。
我不清楚你是不是你的格式不对的原因。
%block WaveFuncKPoi ...

还有，如果你不只是找homo跟Lumo的情况下怎么办呢，比如你想找个O2的π轨道，排除一个个筛选的办法
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6楼2011-02-25 09:49:47
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-03-01 14:11:30
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-02-25 02:49:47:
还有，如果你不只是找homo跟Lumo的情况下怎么办呢，比如你想找个O2的π轨道，排除一个个筛选的办法

WriteWaveFunctions        T                 
WaveFuncKPointsScale     ReciprocalLatticeVectors
%block WaveFuncKPoints
0.000 0.000 0.000 from    1 to 14     
%endblock WaveFuncKPoints
这个是在siesta计算的fdf文件中设置的。然后计算的结果再用denchar处理。denchar有自己的输入文件。WriteWaveFunctions        T 你是不是忘记了写这一个选项啊。
具体的关于波函数的设置请参照使用手册3.0-b来说是60页。也就是6.13小节。里面有很细节的讲述。另外注意波函数的输出只有用diagon的时候才可以用。OderN是不行的。
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7楼2011-03-01 13:41:59
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-03-01 13:41:59:
WriteWaveFunctions        T                 
WaveFuncKPointsScale     ReciprocalLatticeVectors
%block WaveFuncKPoints
0.000 0.000 0.000 from    1 to 14     
%endblock WaveFuncKPoints
这个是在 ...

估计问题出在这里吧
WriteWaveFunctions        T
与%block WaveFuncKPoints
0.000 0.000 0.000 from    1 to 14     
%endblock WaveFuncKPoints
一起设置的情况下，会出现所有的波函数。
不设置WriteWaveFunctions        T 只设置与%block WaveFuncKPoints 没有波函数

不知道为什么？难道是code的原因，我用的是siesta3.0-rc，去试试siesta3.0-b 先
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8楼2011-03-01 14:23:49
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
minmin_0082003(金币+10): 谢谢 2011-03-01 14:52:52
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2011-03-01 07:23:49:
估计问题出在这里吧
WriteWaveFunctions        T
与%block WaveFuncKPoints
0.000 0.000 0.000 from    1 to 14     
%endblock WaveFuncKPoints
一起设置的情况下，会出现所有的波函数。
不设置WriteW ...

这个和版本没有关系。
建议最好WriteWaveFunctions和COOP.write混合用，如果你只想得到一部分波函数的话。
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9楼2011-03-01 14:27:52
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1): 如果问题解决，请帮忙吧标题求助修改为求助成功，谢谢合作 2011-03-01 15:51:10
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-03-01 14:27:52:
这个和版本没有关系。
建议最好WriteWaveFunctions和COOP.write混合用，如果你只想得到一部分波函数的话。

解决了，不用COOP.Write 就可以得到波函数了，灰常感谢
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10楼2011-03-01 14:52:15
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yashumimi

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-03-07 16:52:46
我用的第二种方法 在费米面附近取0。1看电荷密度分布。。。
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11楼2011-03-07 15:35:21
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zhangtian612

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangguangping at 2011-02-24 15:26:57
谁说denchar会给出所有的波函数？你可以在输入文件中设置要计算那些轨道的。提前数好了，你的HOMO,LUMO是哪几条，不就OK了！
请看一下WaveFuncKPoints的用法。...

想请问一下这个几条,是怎么数的,比较外行,求详解
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12楼2013-11-11 16:52:02
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by zhangtian612 at 2013-11-11 09:52:02
想请问一下这个几条,是怎么数的,比较外行,求详解...

比如体系200个价电子，如果自旋简并。那么第100条轨道就是HOMO了。101条就是LUMO了。
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13楼2013-11-11 17:09:11
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