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[求助]
Autodock操作过程中的一些疑惑求解答
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本人在Autodock自动对接中有些疑惑求解答。 1。首先是关于配体中加氢，通常是加极性氢，之前我一直以为是以为是由于去水的原因，导致一些氢原子被去掉了，所以需要加上氢，因为氢会参与到对接的两个分子中的相互作用。但是现在看来并不是这样，那请问这里面加的极性氢到底是个怎么样的概念？ 比如，我的配体明明是个分子，去水，加极性氢，加电荷，居然显示分子带电荷（分子电荷不应该是0么）。 2。对实验的受体去水，加极性氢，加电荷，当时电荷为0。可是，在准备格点计算的时候，打开Grid→Macromolecule→Open，有对话框弹出。显示警告： Non-integral charge on BOBPIR:4.5665 correct 1 residues: 0 0.4335 这是怎么会事？哪里跑出来的电荷？ 3。在格子设置的时候有x,y,z三个数值显示，据说是小分子中心的坐标，请问这个有什么用么？ 以上，操作如果马虎点也可以计算的下去，但是我不知道这样的结果可不可信，所以集思广意，求解答。谢谢。 |
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【答案】应助回帖
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可米kemi(金币+10): 谢谢回答。也就是第一个问题有可能是软件的原因。而关于电荷是正常的。第三个问题，我刚找到一个你的回帖，上面有介绍怎样看xyz坐标的，那我想能不能第一次对接完毕后，用Gaussian看看中心原子的坐标，然后再次对接的时候，参照此坐标，会不会结果准确点呢？ 2011-12-02 14:47:30
chaizhm(金币+3): 2011-12-02 16:46:03
可米kemi(金币+10): 谢谢回答。也就是第一个问题有可能是软件的原因。而关于电荷是正常的。第三个问题，我刚找到一个你的回帖，上面有介绍怎样看xyz坐标的，那我想能不能第一次对接完毕后，用Gaussian看看中心原子的坐标，然后再次对接的时候，参照此坐标，会不会结果准确点呢？ 2011-12-02 14:47:30
chaizhm(金币+3): 2011-12-02 16:46:03
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对第1个和第3个问题谈谈自己的想法： 1.因为在计算结合能量的时候，需要考虑到配体和受体之间是否会形成氢键，所以配体上的极性氢要加上，如果你的配体是自己画出来的，有些程序是默认没有氢的，所以需要加氢。分子带电荷是很正常的，比如对硝基苯酚，当它处在不同的pH中，他的分子态和离子态是会共存的，且随着pH的变化两者的比例也会变，这和你物质本身的性质是有关系的。 3.格点中心只是为了确定你的盒子是否能包含整个活性位点，如果你的活性位点事先有人报道过，比如残基A,那么你就可以把grid的中心设成那个残基的一个原子，不一定要是配体的中心 |
2楼2011-12-02 14:02:04
zhang360
新虫 (正式写手)
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3楼2016-07-09 17:34:11
