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astringent铜虫 (著名写手)
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[求助]
gmx不认小分子PDB残基怎么办？？
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初学gmx，就遇到问题了，（1）我有一个小分子的结构，用gaussian优化的，然后我就按照帖子上说的用CHEMOFFICE转化成PDB，然后想用pdb2gmx命令得到top文件，但是我使用pdb2gmx时，提示.RTP文件中没有这个小分子的残基（我用opls力场），我该怎么办，是不是需要我把这个小分子的残基手动加到rtp文件中就可以？除了修改.RTP文件外，我还需要该其他的文件吗？麻烦大家指点，如果我自己加残基的话，都需要该那些文件，大致流程是什么？细节我可以看手册。因为初学，我怕我自己写的东西出错，影响整个.RTP文件不能用啊？请问各位，有没有其他方法？ （2）另外我在看gmx自带的ethonal.itp文件时发现，所用的电荷并不是从力场中语原子类型直接对应的电荷？我想问，itp文件中的电荷可以自己随便改？ （3）如果自己在写top文件时，比如写一个angle 2 1 3 和3 1 2是不是对计算结果无影响？另外，我发现我在写top是很容易漏掉某些角度和二面角啊，大家有没有这种经历？有没有什么好方法，一次性将角度，二面角都写全？ 问题有点多，请大家指点，不甚感激 |
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jawang
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-11-26 19:43:11
astringent(金币+10): 2011-11-28 04:51:21
astringent(金币+5): 2011-11-29 19:51:35
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astringent(金币+5): 2011-11-29 19:51:35
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你在gmx中用oplsaa力场的话，建议你使用软件acpype http://code.google.com/p/acpype/ 它可以直接产生可以使用的itp文件 对于电荷的话，你可以使用量化方法算出的电荷如resp取代itp中得电荷 |
3楼2011-11-26 09:19:23
yanghua0378
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