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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gmx不认小分子PDB残基怎么办？？
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astringent

铜虫 (著名写手)

[求助] gmx不认小分子PDB残基怎么办？？

初学gmx，就遇到问题了，（1）我有一个小分子的结构，用gaussian优化的，然后我就按照帖子上说的用CHEMOFFICE转化成PDB，然后想用pdb2gmx命令得到top文件，但是我使用pdb2gmx时，提示.RTP文件中没有这个小分子的残基（我用opls力场），我该怎么办，是不是需要我把这个小分子的残基手动加到rtp文件中就可以？除了修改.RTP文件外，我还需要该其他的文件吗？麻烦大家指点，如果我自己加残基的话，都需要该那些文件，大致流程是什么？细节我可以看手册。因为初学，我怕我自己写的东西出错，影响整个.RTP文件不能用啊？请问各位，有没有其他方法？
（2）另外我在看gmx自带的ethonal.itp文件时发现，所用的电荷并不是从力场中语原子类型直接对应的电荷？我想问，itp文件中的电荷可以自己随便改？
（3）如果自己在写top文件时，比如写一个angle 2 1 3 和3  1  2是不是对计算结果无影响？另外，我发现我在写top是很容易漏掉某些角度和二面角啊，大家有没有这种经历？有没有什么好方法，一次性将角度，二面角都写全？
问题有点多，请大家指点，不甚感激
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1楼 2011-11-25 05:33:21
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-11-26 19:43:11
astringent(金币+10): 2011-11-28 04:51:21
astringent(金币+5): 2011-11-29 19:51:35
你在gmx中用oplsaa力场的话，建议你使用软件acpype
http://code.google.com/p/acpype/
它可以直接产生可以使用的itp文件
对于电荷的话，你可以使用量化方法算出的电荷如resp取代itp中得电荷
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3楼2011-11-26 09:19:23
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yanghua0378

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-26 19:43:03
jiaoyixiong(金币+1, 模拟EPI+1): 2011-11-28 20:57:13
jiaoyixiong(金币+10): 多谢指教 2011-11-28 20:58:49
cenwanglai(金币-10, 模拟EPI-1): 不能重复奖励。注意EPI授予标准。一般回帖给金币奖励就好。回答的很好的才给予EPI~ 2011-11-28 23:35:56
好像是力场的问题，要自己写才行
赞一下(4人) 回复此楼
2楼2011-11-25 16:07:23
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astringent

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jawang at 2011-11-26 09:19:23:
你在gmx中用oplsaa力场的话，建议你使用软件acpype
http://code.google.com/p/acpype/
它可以直接产生可以使用的itp文件
对于电荷的话，你可以使用量化方法算出的电荷如resp取代itp中得电荷

我还一个问题请教，我看opls立场中，有电荷分组（cgnr），请问这个分组有什么依据吗？我的小分子是一个弱键化合物（A....B），那么如果我自己定义电荷分组的话，是将AB两部分作为一个整体，使整体电荷为零还是把它定义成两部分，然后A,B部分分别为零呢？我如何判断我定义的CGNR是否合理？谢谢
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4楼2011-11-28 04:59:27
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-11-28 12:01:22
astringent(金币+5): 2011-11-29 19:50:59
引用回帖:
4楼: Originally posted by astringent at 2011-11-28 04:59:27:
我还一个问题请教，我看opls立场中，有电荷分组（cgnr），请问这个分组有什么依据吗？我的小分子是一个弱键化合物（A....B），那么如果我自己定义电荷分组的话，是将AB两部分作为一个整体，使整体电荷为零还是把 ...

我觉得将AB作为一个整体比较合理，个人意见，因为这里会有电荷转移的问题。你可以找找相关文献对照一下。
一般是同一种类型的原子才会归为一样的电荷，比如ch3上得三个氢，你具体看自己的体系。
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5楼2011-11-28 08:38:58
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