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xulinan

木虫 (小有名气)

[求助] gromacs 报错求助

Atom CG is used in an interaction of type atom in the topolopy database, but an atom of that name was not found in residue number 46.
这个是我用Amber力场pdb2gmx时产生的错误,字面意思是top里定义的CG残基46中没有,这个该怎么理解和解决呢?原来没用过Amber力场,这次是因为pdb里有ADP才用的,请高手指点一下,谢谢!
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莱维

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-12-07 19:43:24
xulinan(金币+2): 2011-12-08 10:00:53
力场很多残基是没有数据的,只能从文献里找出来手动写到itp里
2楼2011-12-07 16:31:18
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xulinan(金币+2): 2011-12-14 09:55:17
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-14 16:57:27
查找文献中此种类型的键和非键参数
3楼2011-12-14 09:29:16
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duotojh

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 鼓励交流 2012-01-04 19:21:22
可能是因为top文件中同种残基中的原子名称和pdb中的残基原子名称不一致,
例如top中是CG,而pdb中也许是CG1、CG2或其它什么相近的名字
4楼2012-01-03 17:09:11
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