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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 扩增出一段序列，如何通过基因组查找上游和下游序列
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happygjx

木虫 (小有名气)

[求助] 扩增出一段序列，如何通过基因组查找上游和下游序列

扩增出一段序列，如何通过基因组查找上游和下游序列？向达人请教？麻烦解释详细点，最好有个教程。
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1楼 2011-11-19 15:52:48
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

楼主意思是要找基因的5'到3'的方向吗？
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jiayoubashaonian
2楼2011-11-19 21:32:53
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第五平原

木虫 (正式写手)
同样请教这个问题啊。
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勤勉
3楼2011-11-19 23:12:28
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凡子1985

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

进NCBI http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 进行比对，就会显示出你这段序列在基因组中的位置，自然就能看到上下游的序列了
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4楼2011-11-20 05:39:25
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

Novel基因的话，须用RACE克隆技术。已知基因或许可以进行BLAST得到。
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5楼2011-11-20 06:31:17
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happygjx

木虫 (小有名气)
引用回帖:
1楼: Originally posted by happygjx at 2011-11-19 15:52:48:
扩增出一段序列，如何通过基因组查找上游和下游序列？向达人请教？麻烦解释详细点，最好有个教程。

对的，我是这个意思，扩增出一个基因片段，怎么通过基因组查找的5’和3’序列，也就是说不用跑RACE了
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6楼2011-11-21 08:06:21
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happygjx

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 凡子1985 at 2011-11-20 05:39:25:
进NCBI http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 进行比对，就会显示出你这段序列在基因组中的位置，自然就能看到上下游的序列了

谢谢，我得到的是一段新基因，想通过基因组查找的5‘和3’序列，是这个意思
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7楼2011-11-21 08:08:44
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凡子1985

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by happygjx at 2011-11-21 08:08:44:
谢谢，我得到的是一段新基因，想通过基因组查找的5‘和3’序列，是这个意思

那也是一样的啊  NCBI 这个功能很简单  上网看看 学习一下
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8楼2011-11-21 15:19:08
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happygjx

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by happygjx at 2011-11-21 08:08:44:
谢谢，我得到的是一段新基因，想通过基因组查找的5‘和3’序列，是这个意思

好吧
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9楼2011-11-22 08:51:17
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feichen2008

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

是什么上的基因？如果基因组全序列已知，就可以在NCBI上blast，确定该基因的位置，上下游序列自然能得到。如果基因组序列未知，要想得到5‘和3’序列就只能做RACE了。
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10楼2011-12-03 11:00:30
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