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wc2896920

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何需找基因序列已有1人参与

通过16S rDNA通用引物扩增出未知菌株的一段基因组DNA(高度保守的序列),在进行NCBI的Blast比对,确定出该菌株属于哪个属哪个种,比如确定一株乳酸菌的菌种。
    现在我想知道该如何查找该乳酸菌菌种上的某段基因序列。比如,我想找该乳酸菌基因上的编码超氧化物岐化酶(SOD)的基因序列,该如何下手,请各位高人指教!!!!!!
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NCBI的高级查询,限定基因名称和物种名称查。
或者手头如果有其他菌的SOD基因序列,就用这段序列做blastn,物种范围限定在该菌;如果有蛋白序列就做tblastn,物种限定在该菌。
2楼2015-11-13 18:32:34
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