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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 如何需找基因序列
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wc2896920

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何需找基因序列 已有1人参与

通过16S rDNA通用引物扩增出未知菌株的一段基因组DNA（高度保守的序列），在进行NCBI的Blast比对，确定出该菌株属于哪个属哪个种，比如确定一株乳酸菌的菌种。
    现在我想知道该如何查找该乳酸菌菌种上的某段基因序列。比如，我想找该乳酸菌基因上的编码超氧化物岐化酶（SOD）的基因序列，该如何下手，请各位高人指教！！！！！！
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1楼 2015-11-13 16:02:48
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
NCBI的高级查询，限定基因名称和物种名称查。
或者手头如果有其他菌的SOD基因序列，就用这段序列做blastn，物种范围限定在该菌；如果有蛋白序列就做tblastn，物种限定在该菌。
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2楼2015-11-13 18:32:34
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