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voleyes

银虫 (正式写手)

[求助] 刚收到审稿意见,关于模拟的,不知道怎么改,哪位虫友帮我看一下

大致是说我这个模拟时间较短,是否达到平衡  GAFF力场是否合适这个体系

There is no discussion of whether the MD simulations are reasonably equilibrated (5 ns is a short simulation using current software and hardware).  There is no critical assessment of whether the gaff force field correctly models the behavior of the substrates.
我查看别人的文章,做的也差不多都是这么长时间啊,也都是用GAFF力场,这个要怎么跟他解释呢,需要列什么数据给他?

另外他还要求再重新做一段模拟
The authors should demonstrate that their analysis is largely independent of the initialization process of this MD run by adding at least a second 5ns run,
initialized using different seed for random velocities.

我之前已经重新做过,但是这个需要再把所有数据都列一下吗?
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kgyl

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by voleyes at 2011-11-13 22:52:38:
我这个模拟没有什么参数计算,只是分析了一些结构数据,看别人的文章也都是只分析一段模拟的,也没有说再重新做一段的啊,是不是MD模拟都要重复做几次,然后分析重现度的?

一般都要重复2次的,只需提供2次模拟能量、RMSD差别很小就可以了,有时只是作为附件提供给评审人
7楼2011-11-14 10:14:21
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查看全部 8 个回答

xuhu_11

金虫 (职业作家)

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-11-13 20:06:01
一定要真诚地按他要求改,实在不行就委婉地说出自己研究的软硬件条件。
千万别考博!
2楼2011-11-13 09:07:47
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q1036210267

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-11-13 20:05:45
voleyes(金币+2): 2011-11-18 02:49:26
感觉 他是想让你把模拟时间 做长点。分析时间相对于平衡时间 有点短,
因此他感觉 你的得到的结果可能会随着时间的 增加而发生变化。
生活中坚持快乐的原则不改变,学习工作中踏实上进!`~`
4楼2011-11-13 17:51:24
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kgyl

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-11-13 20:05:29
voleyes(金币+2): 2011-11-16 00:08:21
voleyes(金币+2): 2011-11-18 02:49:44
1、时间短可以解释,比如做势能-时间图,看是否达到平衡;或是做RMSD时间图;这些参数都表明你的平衡时间与模拟时间足够;再引用文献
2、如果模拟的论文里有参数计算,一般要求要做多次模拟,确保准确度。可以提供已经做的另一次模拟数据,这需要在方法、数据处理上都要做介绍。
5楼2011-11-13 18:12:56
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