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hcswj

木虫 (小有名气)

[求助] 适配体aptamer与蛋白结合以及与互补链结合作用力哪个比较大呢?已有1人参与

我看到很多文献上先让aptamer与互补链杂交,然后让目标蛋白来与互补链竞争,与apt结合,把互补链释放出去,但我怎么做都竞争不下来,我感觉互补作用应该大于适配体与蛋白结合的作用力,但是好多文献都报道了,我感觉很迷惑!还有我认为从构象上讲,apt与蛋白结合需要有一定的构象,apt与互补链杂交后这种构象应该不存在了,那apt怎么还能结合蛋白呢?
求高人指点!
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启程
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amber流河

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by robinhud at 2015-02-28 18:54:00
适配体的Kd值只有uM,一般来说不能把cDNA竞争下来。
目标物与适配体识别,有说法说是氢键结合,但是如果Kd值只有uM,那么这样的结合比起碱基对之间氢键结合,大概要差10-1000倍。“有的aptamer和相应配体的结合力强 ...

请问一下有哪些适配体和目标物分子间的结合能力能达到pM级呢?有没有可拆的适配体?感谢 或者有没有文献提到这个结合能力的问题呢?
14楼2016-03-12 19:50:53
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更深的蓝

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

hcswj(金币+5): 结合肯定是有结合的,可能是其他原因,好好找找 2011-11-16 10:00:58
我也觉得是配体不太靠谱,我让lysozyme与它的那个42bp的aptamer结合,然后跑非变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳,蛋白的量是aptamer的量的5倍时,aptamer的条带与空白(只有相同量的aptamer)相比,都没看到明显的变浅。
低调务实!
2楼2011-11-09 15:28:52
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xugehui

铁杆木虫 (著名写手)

general

★ ★ ★
西瓜(金币+3): 鼓励交流 2011-11-17 18:47:07
有的aptamer和相应配体的结合力强,有的就弱,那要看什么配体和aptamer,然后互补链的长短也对竞争反应有影响,一般几个碱基对的互补应该可以竞争下来,如果互补的碱基多了,当然结合力就强了~
宇智波-鼬~美到极致是疯狂~
3楼2011-11-11 09:07:10
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hcswj

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xugehui at 2011-11-11 09:07:10:
有的aptamer和相应配体的结合力强,有的就弱,那要看什么配体和aptamer,然后互补链的长短也对竞争反应有影响,一般几个碱基对的互补应该可以竞争下来,如果互补的碱基多了,当然结合力就强了~

谢谢,我试试!

你没有应助,不能给你金币,你可以再回复一下。
启程
4楼2011-11-16 10:07:07
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