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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 适配体aptamer与蛋白结合以及与互补链结合作用力哪个比较大呢？
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hcswj

木虫 (小有名气)

[求助] 适配体aptamer与蛋白结合以及与互补链结合作用力哪个比较大呢？已有1人参与

我看到很多文献上先让aptamer与互补链杂交，然后让目标蛋白来与互补链竞争，与apt结合，把互补链释放出去，但我怎么做都竞争不下来，我感觉互补作用应该大于适配体与蛋白结合的作用力，但是好多文献都报道了，我感觉很迷惑！还有我认为从构象上讲，apt与蛋白结合需要有一定的构象，apt与互补链杂交后这种构象应该不存在了，那apt怎么还能结合蛋白呢？
求高人指点！
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启程
1楼2011-11-08 16:02:33
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

929519755

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

理论上来说 aptamer与靶标结合的力是等同于 双链的
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想你没话说
7楼2013-09-26 15:07:19
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robinhud

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hcswj: 金币+25, ★★★很有帮助 2015-04-02 09:42:01
引用回帖:
8楼: Originally posted by hailanqq at 2014-06-30 11:11:34
你好！我想问问，要想竞争下互补链，是不是应该考虑键能呢？目标物与适配体是氢键结合，而碱基对之间也是氢键结合，A-T就有两个氢键，C-G三个氢键，如果适配体的Kd值只有uM,能把cDNA竞争下来吗？...

适配体的Kd值只有uM,一般来说不能把cDNA竞争下来。
目标物与适配体识别，有说法说是氢键结合，但是如果Kd值只有uM,那么这样的结合比起碱基对之间氢键结合，大概要差10-1000倍。“有的aptamer和相应配体的结合力强，有的就弱，那要看什么配体和aptamer”，不是说要看什么，关键是Kd值，如果Kd值在 pM级别，那么aptamer和相应配体的结合力相当于一般抗原和抗体的结合力。
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10楼2015-02-28 18:54:00
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更深的蓝

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

hcswj(金币+5): 结合肯定是有结合的，可能是其他原因，好好找找 2011-11-16 10:00:58
我也觉得是配体不太靠谱，我让lysozyme与它的那个42bp的aptamer结合，然后跑非变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳，蛋白的量是aptamer的量的5倍时，aptamer的条带与空白（只有相同量的aptamer)相比，都没看到明显的变浅。
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低调务实！
2楼2011-11-09 15:28:52
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xugehui

铁杆木虫 (著名写手)

general
★ ★ ★
西瓜(金币+3): 鼓励交流 2011-11-17 18:47:07
有的aptamer和相应配体的结合力强，有的就弱，那要看什么配体和aptamer，然后互补链的长短也对竞争反应有影响，一般几个碱基对的互补应该可以竞争下来，如果互补的碱基多了，当然结合力就强了~
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宇智波-鼬~美到极致是疯狂~
3楼2011-11-11 09:07:10
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普通回帖

hcswj

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xugehui at 2011-11-11 09:07:10:
有的aptamer和相应配体的结合力强，有的就弱，那要看什么配体和aptamer，然后互补链的长短也对竞争反应有影响，一般几个碱基对的互补应该可以竞争下来，如果互补的碱基多了，当然结合力就强了~

谢谢，我试试！

你没有应助，不能给你金币，你可以再回复一下。
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启程
4楼2011-11-16 10:07:07
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xugehui

铁杆木虫 (著名写手)

general
引用回帖:
4楼: Originally posted by hcswj at 2011-11-16 10:07:07:
谢谢，我试试！

你没有应助，不能给你金币，你可以再回复一下。

楼主是mm，又是一个方向的，金币就免啦
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宇智波-鼬~美到极致是疯狂~
5楼2011-11-17 09:01:41
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alyx926

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3640522楼: Originally posted by hcswj at 2011-11-08 16:02:33
我看到很多文献上先让aptamer与互补链杂交，然后让目标蛋白来与互补链竞争，与apt结合，把互补链释放出去，但我怎么做都竞争不下来，我感觉互补作用应该大于适配体与蛋白结合的作用力，但是好多文献都报道了，我感觉 ...

您好，你也做和适配子相关的吗？
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好好科研
6楼2012-06-25 11:19:48
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hailanqq

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xugehui at 2011-11-11 09:07:10
有的aptamer和相应配体的结合力强，有的就弱，那要看什么配体和aptamer，然后互补链的长短也对竞争反应有影响，一般几个碱基对的互补应该可以竞争下来，如果互补的碱基多了，当然结合力就强了~

你好！我想问问，要想竞争下互补链，是不是应该考虑键能呢？目标物与适配体是氢键结合，而碱基对之间也是氢键结合，A-T就有两个氢键，C-G三个氢键，如果适配体的Kd值只有uM,能把cDNA竞争下来吗？
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8楼2014-06-30 11:11:34
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xugehui

铁杆木虫 (著名写手)

general
引用回帖:
8楼: Originally posted by hailanqq at 2014-06-30 11:11:34
你好！我想问问，要想竞争下互补链，是不是应该考虑键能呢？目标物与适配体是氢键结合，而碱基对之间也是氢键结合，A-T就有两个氢键，C-G三个氢键，如果适配体的Kd值只有uM,能把cDNA竞争下来吗？...

这我还真没研究过。
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宇智波-鼬~美到极致是疯狂~
9楼2014-07-01 10:09:16
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