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pitty595

铜虫 (小有名气)

[求助] cDNA PCR 产物异常大

cDNA样品,以特异性引物PCR, 结果出了目的条带(e.g., 200bp)外,还有很大的一条带(>5kb to 12kb),而且并不是非常集中的电泳条带,有一定的拖尾,但是目的条带不拖尾,很集中的一条。但奇怪的是并不是所有的cDNA样品都会有这条诡异的大片段,有那么1-2个样品中没有,只有正常的目的产物条带。
可能性:
1,引物不特异。但是为什么有的正常?而且基因组DNA的阳性对照中,也没有这条巨大的条带。另外,通过提升退火温度(55到62度)也没有变化。貌似可以排除引物的原因。
2,基因组DNA污染,DNase处理时不完全。但RNA经过DNASE处理后,PCR显示为阴性,无扩增产物;另外,基因组DNA的阳性对照中,也没有这条巨大的条带。貌似也可以排除该可能性。
3,模板浓度过高。为了排除这种可能,我做了梯度稀释,1:10,1:50,1:100,结果并没有让这条鬼带消失,只是变淡了,但是目的条带也相应变淡了,而且还多出来几条<1000bp的非特异条带。
4,其他可能性?希望大家帮帮我,到底是怎么回事?多谢!
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