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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » CTAB 基因提取方法的问题
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炎黄逍遥

新虫 (初入文坛)

[交流] CTAB 基因提取方法的问题

最近学习提取昆虫基因组（用的是蛴螬），采用CATB法，从文献上找的CTAB提取液配方，如下
0.1M Tris-HCl/ 0.02M EDTA/ 1.4M NaCl/ 0.2% β-巯基乙醇/ 0.05M CTAB
液氮研磨，苯酚氯仿抽提，冷异丙醇沉淀
头一次做使用的 华北大黑鳃金龟和 铜绿丽金龟幼虫，提取效果挺好，做PCR条带也很清晰，可是过了一周之后又做了一次（换做暗黑鳃金龟和黄褐丽金龟幼虫），虽然提取效果也不错，但是PCR却再也P不出东西来了，四种昆虫基因组提取结果如图所示（前两个能PCR出条带，后两个P不出来）。
这个问题是CTAB提取的问题么？PCR应该不会出现问题，引物设计和程序一类都没问题，我觉得问题可能会出现在提取液上面。
CTAB配制完后我一直都是 室温保存，因为放4℃感觉是完全析出。。这个提取液需要现用现配吗？使用之前不温浴溶解对提取影响大吗？确实第二次做的时候没有温浴，因为我看只有少量白色絮状析出，而且研磨之后要65℃水浴1个小时，所以觉得提前温浴没有什么必要吧。。。
各位大侠能看出来这是哪里出现了问题吗？或是有哪位同学以前也出现过这种问题？是如何解决的啊？

从左到右 分别是 大黑，铜绿，暗黑，黄褐  前两个P出了结果，后两个P不出来了
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1楼 2011-11-02 15:48:12
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longrna

新虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
炎黄逍遥(金币+1):谢谢参与
wanhscn(金币+5): Good! 2011-11-03 11:20:07
CTAB很容易释出来，特别温度低的时候。不用现配，放个一年半载一样可以用。
所提基因组含有大量RNA，建议增加RNase用量及延长消化时间。
PCR是否同时做的？重复扩扩看，有时PCR很难说。因为从电泳看所提的DNA应该是没有问题的。建议从PCR找原因，模板使用量等，另外可以看看DNA的纯度是如何。
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6楼2011-11-03 10:12:37
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rollandyoung

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
炎黄逍遥(金币+1):谢谢参与
amisking(金币+3): 鼓励积极应助！ 2011-11-02 20:58:32
1.我们用ctab提取dna的时候都不会现用现配。个人感觉放置个把月没问题。
2.提前水浴是因为温度较低的情况下ctab会有少量无法溶解，水浴是为了使其溶解。
3.pcr没有结果可以看一下是不是乙醇洗沉淀的时候没有挥发干净，其实有的时候什么步骤都没变就是做不出来，过一段时间又出来了，做分生就是这样，有的时候很难说出原因。
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2楼2011-11-02 19:48:29
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changes

木虫 (正式写手)
★ ★
炎黄逍遥(金币+1):谢谢参与
wanhscn(金币+1): 鼓励交流！ 2011-11-02 21:27:54
DNA看起来没问题，可以用。你将后面的两个DNA模板稀释50或100倍再PCR试试。
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3楼2011-11-02 19:51:01
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太极拳

木虫 (小有名气)
★
炎黄逍遥(金币+1):谢谢参与
加RNA酶消化了没？抽提一下试试，看基因组主带应该不会有问题。另外CTAB法提的基因组浓度比较大，可以做个稀释度。
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4楼2011-11-02 21:37:48
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