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yoghurt117木虫 (正式写手)
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盒子，盒子 ：（
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最近看cpmd官网的教程，其中一个bulk系统的动力学计算，其输入文件是： &INFO md at T=300K with thermostats &END &CPMD MOLECULAR DYNAMICS RESTART WAVEFUNCTIONS COORDINATES VELOCITIES LATEST TRAJECTORY SAMPLE XYZ 10 RESCALE OLD VELOCITIES NOSE IONS 400.0d0 3000.0d0 NOSE ELECTRONS 0.0080d0 10000.0d0 MAXSTEP 5000 TIMESTEP 4.0 EMASS 400.0 MEMORY BIG &END &SYSTEM SYMMETRY 1 ANGSTROM CELL 9.95991 1.0 1.0 0.0 0.0 0.0 DUAL 5.0 CUTOFF 25.0 CHARGE 1 &END &DFT FUNCTIONAL BLYP GC-CUTOFF 5.0d-6 &END &ATOMS ISOTOPES 16.00 2.016 *O_VDB_BLYP.psp FORMATTED LMAX=P 33 0.7327 -4.2440 2.1886 -0.8347 -4.7227 4.3691 2.6518 -1.5714 -0.1309 3.2623 -4.4641 2.6462 -4.7361 4.8510 -2.0459 -2.3920 0.3963 3.9231 -0.5493 -4.5740 -2.0499 2.2782 -3.3931 -4.3667 -3.5142 -4.3400 2.4342 -3.8442 0.5428 -2.4979 2.6625 2.2735 2.5634 4.0301 2.4810 -3.1204 -1.3385 -0.8110 -0.2060 3.3646 -4.3723 -0.2574 0.7415 -0.6233 -1.8793 4.5585 3.6260 4.3279 1.4453 3.8230 -1.3437 0.7650 1.2950 4.2396 -2.5713 3.1043 -4.8839 -4.1207 3.2564 1.0086 0.4496 3.1128 1.4121 4.0998 0.0228 4.2341 -0.5407 -2.4217 -3.9645 -4.5374 -1.1430 -0.2440 -1.6032 1.7664 0.5732 -3.1993 -1.5826 -4.4357 0.5592 -1.4779 1.7951 -1.8413 2.8694 -2.0738 0.9314 1.6635 -3.0237 4.8851 0.6455 1.8791 -4.7775 -3.9950 -4.5931 -2.9360 -3.2201 -0.0728 1.8651 -1.3161 4.1881 *H_VDB_BLYP.psp FORMATTED LMAX=P 67 0.1804 -4.3091 3.0196 0.4583 -3.4352 1.6684 -0.8907 -3.8505 4.8551 -1.4470 -5.3849 4.8012 2.6813 -2.5699 -0.0836 3.5705 -1.2189 -0.3089 2.2641 -4.5114 2.6070 3.6143 -5.2567 3.1440 -5.2043 3.9908 -2.2480 -5.2257 5.3344 -1.3202 -2.8338 0.3816 3.0261 -2.6987 -0.3905 4.4587 0.2035 -5.0868 -1.6374 -1.2460 -5.2114 -2.3791 3.1464 -3.8096 -4.0969 1.5234 -3.8864 -3.9344 -4.2719 -3.7659 2.7445 -2.7608 -4.2804 3.0891 -3.5930 -0.0389 -3.2716 -3.0803 1.1482 -2.2743 3.3247 1.5747 2.2926 3.0265 2.7969 3.3338 4.7065 1.8430 -2.7522 3.1319 2.0416 -3.1370 -1.9556 -1.5794 -0.0367 -1.7355 0.0251 0.1726 3.1616 -4.3000 0.7191 2.7360 -5.0244 -0.6811 1.5443 -1.0463 -1.4591 -0.0408 -0.7072 -1.2621 5.5462 3.4712 4.3092 4.1734 3.2213 5.1573 1.3289 3.2796 -0.5124 1.3588 3.2301 -2.1443 1.2158 1.6650 3.4272 -0.2192 1.4615 4.1796 -2.3393 2.1786 -5.1828 -2.3958 3.1917 -3.9033 -4.0469 3.9980 1.6755 -4.8820 3.4416 0.3872 1.3081 2.8588 1.8577 0.2815 4.0896 1.5449 4.4722 0.2911 3.3456 4.8505 -0.1433 4.8736 -0.5906 -3.0520 -3.1897 -0.0056 -1.6175 -3.7060 -4.2505 -0.6992 -1.0929 -3.9724 -1.9523 -0.0834 -2.3879 2.3426 0.8019 -0.7686 2.1804 0.9365 -3.8725 -2.3207 -4.3898 -2.2782 -1.9717 -4.4453 1.3775 -1.3132 1.2443 -0.2523 -1.2143 1.2736 -1.1466 2.2371 -2.4168 -2.0815 2.6232 -1.1348 1.0048 0.8099 -2.5081 0.8075 1.4570 -3.9943 5.3467 1.4906 1.6095 4.9527 -0.0223 1.1379 -4.4389 -4.2859 -3.6983 -5.0180 -4.7996 -5.1361 -2.9873 -3.6787 0.8143 -2.9264 -3.9045 -0.8018 1.8677 -2.1810 4.7284 2.7693 -0.8629 4.0578 1.2248 -1.2816 3.3950 &END 我把原子和坐标部分做成了xyz格式的文件 100 O 0.7327 -4.2440 2.1886 O -0.8347 -4.7227 4.3691 O 2.6518 -1.5714 -0.1309 O 3.2623 -4.4641 2.6462 O -4.7361 4.8510 -2.0459 O -2.3920 0.3963 3.9231 O -0.5493 -4.5740 -2.0499 O 2.2782 -3.3931 -4.3667 O -3.5142 -4.3400 2.4342 O -3.8442 0.5428 -2.4979 O 2.6625 2.2735 2.5634 O 4.0301 2.4810 -3.1204 O -1.3385 -0.8110 -0.2060 O 3.3646 -4.3723 -0.2574 O 0.7415 -0.6233 -1.8793 O 4.5585 3.6260 4.3279 O 1.4453 3.8230 -1.3437 O 0.7650 1.2950 4.2396 O -2.5713 3.1043 -4.8839 O -4.1207 3.2564 1.0086 O 0.4496 3.1128 1.4121 O 4.0998 0.0228 4.2341 O -0.5407 -2.4217 -3.9645 O -4.5374 -1.1430 -0.2440 O -1.6032 1.7664 0.5732 O -3.1993 -1.5826 -4.4357 O 0.5592 -1.4779 1.7951 O -1.8413 2.8694 -2.0738 O 0.9314 1.6635 -3.0237 O 4.8851 0.6455 1.8791 O -4.7775 -3.9950 -4.5931 O -2.9360 -3.2201 -0.0728 O 1.8651 -1.3161 4.1881 H 0.1804 -4.3091 3.0196 H 0.4583 -3.4352 1.6684 H -0.8907 -3.8505 4.8551 H -1.4470 -5.3849 4.8012 H 2.6813 -2.5699 -0.0836 H 3.5705 -1.2189 -0.3089 H 2.2641 -4.5114 2.6070 H 3.6143 -5.2567 3.1440 H -5.2043 3.9908 -2.2480 H -5.2257 5.3344 -1.3202 H -2.8338 0.3816 3.0261 H -2.6987 -0.3905 4.4587 H 0.2035 -5.0868 -1.6374 H -1.2460 -5.2114 -2.3791 H 3.1464 -3.8096 -4.0969 H 1.5234 -3.8864 -3.9344 H -4.2719 -3.7659 2.7445 H -2.7608 -4.2804 3.0891 H -3.5930 -0.0389 -3.2716 H -3.0803 1.1482 -2.2743 H 3.3247 1.5747 2.2926 H 3.0265 2.7969 3.3338 H 4.7065 1.8430 -2.7522 H 3.1319 2.0416 -3.1370 H -1.9556 -1.5794 -0.0367 H -1.7355 0.0251 0.1726 H 3.1616 -4.3000 0.7191 H 2.7360 -5.0244 -0.6811 H 1.5443 -1.0463 -1.4591 H -0.0408 -0.7072 -1.2621 H 5.5462 3.4712 4.3092 H 4.1734 3.2213 5.1573 H 1.3289 3.2796 -0.5124 H 1.3588 3.2301 -2.1443 H 1.2158 1.6650 3.4272 H -0.2192 1.4615 4.1796 H -2.3393 2.1786 -5.1828 H -2.3958 3.1917 -3.9033 H -4.0469 3.9980 1.6755 H -4.8820 3.4416 0.3872 H 1.3081 2.8588 1.8577 H 0.2815 4.0896 1.5449 H 4.4722 0.2911 3.3456 H 4.8505 -0.1433 4.8736 H -0.5906 -3.0520 -3.1897 H -0.0056 -1.6175 -3.7060 H -4.2505 -0.6992 -1.0929 H -3.9724 -1.9523 -0.0834 H -2.3879 2.3426 0.8019 H -0.7686 2.1804 0.9365 H -3.8725 -2.3207 -4.3898 H -2.2782 -1.9717 -4.4453 H 1.3775 -1.3132 1.2443 H -0.2523 -1.2143 1.2736 H -1.1466 2.2371 -2.4168 H -2.0815 2.6232 -1.1348 H 1.0048 0.8099 -2.5081 H 0.8075 1.4570 -3.9943 H 5.3467 1.4906 1.6095 H 4.9527 -0.0223 1.1379 H -4.4389 -4.2859 -3.6983 H -5.0180 -4.7996 -5.1361 H -2.9873 -3.6787 0.8143 H -2.9264 -3.9045 -0.8018 H 1.8677 -2.1810 4.7284 H 2.7693 -0.8629 4.0578 H 1.2248 -1.2816 3.3950 然后转化成mol用gaussview量了一下，这个系统各个方向上平均10个多埃，最大的有16埃，不知道symmetry部分的 CELL 9.95991 1.0 1.0 0.0 0.0 0.0 里面的9.995991×9.995991×9.995991埃这样的格子怎么放下的，初学不太明白，请教一下，谢谢。 |
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