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yoghurt117

木虫 (正式写手)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 8018.3
散金: 56
红花: 8
帖子: 576
在线: 134.9小时
虫号: 761174
注册: 2009-05-01
性别: GG
专业: 理论和计算化学

[求助] 盒子，盒子：（

最近看cpmd官网的教程，其中一个bulk系统的动力学计算，其输入文件是：
&INFO
md at T=300K with thermostats
&END
&CPMD
MOLECULAR DYNAMICS
RESTART WAVEFUNCTIONS COORDINATES VELOCITIES LATEST

TRAJECTORY SAMPLE XYZ
  10

RESCALE OLD VELOCITIES
NOSE IONS
   400.0d0 3000.0d0
NOSE ELECTRONS
0.0080d0  10000.0d0
MAXSTEP
  5000
TIMESTEP
  4.0
EMASS
  400.0
MEMORY BIG
&END

&SYSTEM
SYMMETRY
  1
ANGSTROM
CELL
  9.95991 1.0 1.0  0.0  0.0  0.0
DUAL
  5.0
CUTOFF
  25.0
CHARGE
  1
&END
&DFT
FUNCTIONAL BLYP
GC-CUTOFF
  5.0d-6
&END
&ATOMS
ISOTOPES
16.00
  2.016
*O_VDB_BLYP.psp FORMATTED
LMAX=P
  33
   0.7327 -4.2440  2.1886
-0.8347 -4.7227  4.3691
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LMAX=P
  67
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-2.6987 -0.3905  4.4587
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-1.2460 -5.2114 -2.3791
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   1.5234 -3.8864 -3.9344
-4.2719 -3.7659  2.7445
-2.7608 -4.2804  3.0891
-3.5930 -0.0389 -3.2716
-3.0803  1.1482 -2.2743
   3.3247  1.5747  2.2926
   3.0265  2.7969  3.3338
   4.7065  1.8430 -2.7522
   3.1319  2.0416 -3.1370
-1.9556 -1.5794 -0.0367
-1.7355  0.0251  0.1726
   3.1616 -4.3000  0.7191
   2.7360 -5.0244 -0.6811
   1.5443 -1.0463 -1.4591
-0.0408 -0.7072 -1.2621
   5.5462  3.4712  4.3092
   4.1734  3.2213  5.1573
   1.3289  3.2796 -0.5124
   1.3588  3.2301 -2.1443
   1.2158  1.6650  3.4272
-0.2192  1.4615  4.1796
-2.3393  2.1786 -5.1828
-2.3958  3.1917 -3.9033
-4.0469  3.9980  1.6755
-4.8820  3.4416  0.3872
   1.3081  2.8588  1.8577
   0.2815  4.0896  1.5449
   4.4722  0.2911  3.3456
   4.8505 -0.1433  4.8736
-0.5906 -3.0520 -3.1897
-0.0056 -1.6175 -3.7060
-4.2505 -0.6992 -1.0929
-3.9724 -1.9523 -0.0834
-2.3879  2.3426  0.8019
-0.7686  2.1804  0.9365
-3.8725 -2.3207 -4.3898
-2.2782 -1.9717 -4.4453
   1.3775 -1.3132  1.2443
-0.2523 -1.2143  1.2736
-1.1466  2.2371 -2.4168
-2.0815  2.6232 -1.1348
   1.0048  0.8099 -2.5081
   0.8075  1.4570 -3.9943
   5.3467  1.4906  1.6095
   4.9527 -0.0223  1.1379
-4.4389 -4.2859 -3.6983
-5.0180 -4.7996 -5.1361
-2.9873 -3.6787  0.8143
-2.9264 -3.9045 -0.8018
   1.8677 -2.1810  4.7284
   2.7693 -0.8629  4.0578
   1.2248 -1.2816  3.3950
&END

我把原子和坐标部分做成了xyz格式的文件
100
O 0.7327 -4.2440  2.1886
O -0.8347 -4.7227  4.3691
O 2.6518 -1.5714 -0.1309
O 3.2623 -4.4641  2.6462
O -4.7361  4.8510 -2.0459
O -2.3920  0.3963  3.9231
O -0.5493 -4.5740 -2.0499
O    2.2782 -3.3931 -4.3667
O -3.5142 -4.3400  2.4342
O -3.8442  0.5428 -2.4979
O    2.6625  2.2735  2.5634
O 4.0301  2.4810 -3.1204
O -1.3385 -0.8110 -0.2060
O 3.3646 -4.3723 -0.2574
O    0.7415 -0.6233 -1.8793
O    4.5585  3.6260  4.3279
O    1.4453  3.8230 -1.3437
O    0.7650  1.2950  4.2396
O -2.5713  3.1043 -4.8839
O -4.1207  3.2564  1.0086
O    0.4496  3.1128  1.4121
O    4.0998  0.0228  4.2341
O -0.5407 -2.4217 -3.9645
O -4.5374 -1.1430 -0.2440
O -1.6032  1.7664  0.5732
O -3.1993 -1.5826 -4.4357
O    0.5592 -1.4779  1.7951
O -1.8413  2.8694 -2.0738
O    0.9314  1.6635 -3.0237
O    4.8851  0.6455  1.8791
O -4.7775 -3.9950 -4.5931
O -2.9360 -3.2201 -0.0728
O    1.8651 -1.3161  4.1881
H    0.1804 -4.3091  3.0196
H    0.4583 -3.4352  1.6684
H -0.8907 -3.8505  4.8551
H -1.4470 -5.3849  4.8012
H    2.6813 -2.5699 -0.0836
H    3.5705 -1.2189 -0.3089
H    2.2641 -4.5114  2.6070
H    3.6143 -5.2567  3.1440
H -5.2043  3.9908 -2.2480
H -5.2257  5.3344 -1.3202
H -2.8338  0.3816  3.0261
H -2.6987 -0.3905  4.4587
H    0.2035 -5.0868 -1.6374
H -1.2460 -5.2114 -2.3791
H    3.1464 -3.8096 -4.0969
H    1.5234 -3.8864 -3.9344
H -4.2719 -3.7659  2.7445
H -2.7608 -4.2804  3.0891
H -3.5930 -0.0389 -3.2716
H -3.0803  1.1482 -2.2743
H    3.3247  1.5747  2.2926
H    3.0265  2.7969  3.3338
H    4.7065  1.8430 -2.7522
H    3.1319  2.0416 -3.1370
H -1.9556 -1.5794 -0.0367
H -1.7355  0.0251  0.1726
H    3.1616 -4.3000  0.7191
H    2.7360 -5.0244 -0.6811
H    1.5443 -1.0463 -1.4591
H -0.0408 -0.7072 -1.2621
H    5.5462  3.4712  4.3092
H    4.1734  3.2213  5.1573
H    1.3289  3.2796 -0.5124
H    1.3588  3.2301 -2.1443
H    1.2158  1.6650  3.4272
H -0.2192  1.4615  4.1796
H -2.3393  2.1786 -5.1828
H -2.3958  3.1917 -3.9033
H -4.0469  3.9980  1.6755
H -4.8820  3.4416  0.3872
H    1.3081  2.8588  1.8577
H    0.2815  4.0896  1.5449
H    4.4722  0.2911  3.3456
H    4.8505 -0.1433  4.8736
H -0.5906 -3.0520 -3.1897
H -0.0056 -1.6175 -3.7060
H -4.2505 -0.6992 -1.0929
H -3.9724 -1.9523 -0.0834
H -2.3879  2.3426  0.8019
H -0.7686  2.1804  0.9365
H -3.8725 -2.3207 -4.3898
H -2.2782 -1.9717 -4.4453
H    1.3775 -1.3132  1.2443
H -0.2523 -1.2143  1.2736
H -1.1466  2.2371 -2.4168
H -2.0815  2.6232 -1.1348
H    1.0048  0.8099 -2.5081
H    0.8075  1.4570 -3.9943
H    5.3467  1.4906  1.6095
H    4.9527 -0.0223  1.1379
H -4.4389 -4.2859 -3.6983
H -5.0180 -4.7996 -5.1361
H -2.9873 -3.6787  0.8143
H -2.9264 -3.9045 -0.8018
H    1.8677 -2.1810  4.7284
H    2.7693 -0.8629  4.0578
H    1.2248 -1.2816  3.3950

然后转化成mol用gaussview量了一下，这个系统各个方向上平均10个多埃，最大的有16埃，不知道symmetry部分的
CELL
  9.95991 1.0 1.0  0.0  0.0  0.0
里面的9.995991×9.995991×9.995991埃这样的格子怎么放下的，初学不太明白，请教一下，谢谢。

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售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急已经有4人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急已经有5人回复
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急已经有5人回复
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急已经有4人回复

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1楼 2011-11-01 22:31:38

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