24小时热门版块排行榜

返回列表

jackyma

新虫 (小有名气)

模拟EPI: 2
应助: 4 (幼儿园)
金币: 648.4
帖子: 160
在线: 53.5小时
虫号: 1196106

[资源] Amber MD模拟中的 restart file 坐标值过大的问题

今天在用Amber跑MD的时候出现了以下的错误

forrtl: severe (64): input conversion error, unit 9, file /misc/home/mabiao/amberMD/casestudy/ham/md_0921/02/testequil/heat.rst.007
Image             PC             Routine          Line       Source
sander.MPI       0000000000CE8F8F  Unknown             Unknown  Unknown
sander.MPI       0000000000CE746E  Unknown             Unknown  Unknown
sander.MPI       0000000000CBABD4  Unknown             Unknown  Unknown
sander.MPI       0000000000C7A5A6  Unknown             Unknown  Unknown
sander.MPI       0000000000C7A207  Unknown             Unknown  Unknown
sander.MPI       0000000000C951AF  Unknown             Unknown  Unknown
sander.MPI       00000000004F184C  Unknown             Unknown  Unknown

google了之后看到有别的朋友也遇到过类似问题，具体请参考如下连接：http://archive.ambermd.org/200907/0008.html
有网友解释说是因为跑长时间MD的时候有时会出现rst文件中的原子坐标值超出预定值而出现＊＊＊＊＊字符，造成后续计算在读取这个rst文件的时候出错。如果是做水环境周期边界计算的话，在input文件中加入iwrap ＝ 1就能防止出现原子坐标超大的问题。
我的问题不适合上面的做法，因为我没有加水并且不是周期边界条件计算，加了iwrap＝1，反而出错：Error: IWRAP=1 cannot be used without a periodic box.
最后仔细分析出错的rst文件，发现坐标变大，出现＊＊＊＊符号的原子是我系统的倒数第八个原子，最后八个原子的坐标也比别的大。看了一下初始结构的PDB文件发现最后八个原子是我在leap中为了中和带电量而加的八个Cl原子。
因为做的是真空环境模拟不用考虑电中性，而我画蛇添足多加了几个原子后计算过程中他们的坐标被放大很多，最后出现rst文件出错。
因为是新手，所以很多时候照着教程死板硬套就容易出现意向不到的错误，在这里借小木虫论坛把我的学习经验写出来，以给后来的朋友做下参考！
有不妥之处希望高手们能给指出！

回复此楼