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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)


[交流] 请高手指导,我的pymol为何不显示氢键

用sybyl进行分子对接后,明显的有两个氢键(黄色的线),将蛋白质和小分子复合物一起存为mol2格式文件后,导入pymol进行作图,用ligand下面的:A---find---polar contacts--to other atoms in object, 却没有任何氢键生成,试了几个都这样,难到是软件没有设置好?
另外,请问一下各位高手,一般疏水作用在多少A以内发生?
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wohaihao(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-23 22:03:43
可能因为软件定义距离的cutoff等原因,所以未显示,
不过想显示也容易
坛子里的高手已指明方法,你搜搜,管用
2楼2011-09-23 16:31:49
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wohaihao(金币+1):谢谢参与
不懂,学习一下哦~~~~~~~~
3楼2011-09-24 22:53:22
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★
wohaihao(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-29 17:17:14
氢键的显示,与相互距离和角度的设定有关。一般疏水作用在3.5~6A以内都可以。up to you!
5楼2011-09-29 16:49:27
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2011-09-25 12:15   回复  
wohaihao(金币+1):谢谢参与
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