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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请高手指导，我的pymol为何不显示氢键
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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

[交流] 请高手指导，我的pymol为何不显示氢键

用sybyl进行分子对接后，明显的有两个氢键（黄色的线），将蛋白质和小分子复合物一起存为mol2格式文件后，导入pymol进行作图，用ligand下面的：A---find---polar contacts--to other atoms in object, 却没有任何氢键生成，试了几个都这样，难到是软件没有设置好？
另外，请问一下各位高手，一般疏水作用在多少A以内发生？
期待您的答案
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1楼 2011-09-23 16:04:32
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
wohaihao(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-29 17:17:14
氢键的显示，与相互距离和角度的设定有关。一般疏水作用在3.5~6A以内都可以。up to you!
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5楼2011-09-29 16:49:27
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PSA

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★ ★
wohaihao(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-23 22:03:43
可能因为软件定义距离的cutoff等原因，所以未显示，
不过想显示也容易
坛子里的高手已指明方法，你搜搜，管用
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2011-09-23 16:31:49
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★
wohaihao(金币+1):谢谢参与
不懂，学习一下哦~~~~~~~~
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-09-24 22:53:22
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