应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请高手指导，我的pymol为何不显示氢键
51/1返回列表
查看: 5453  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

[交流] 请高手指导，我的pymol为何不显示氢键

用sybyl进行分子对接后，明显的有两个氢键（黄色的线），将蛋白质和小分子复合物一起存为mol2格式文件后，导入pymol进行作图，用ligand下面的：A---find---polar contacts--to other atoms in object, 却没有任何氢键生成，试了几个都这样，难到是软件没有设置好？
另外，请问一下各位高手，一般疏水作用在多少A以内发生？
期待您的答案
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

画图软件集 pymol/VMD/Origin

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-09-23 16:04:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★ ★
wohaihao(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-23 22:03:43
可能因为软件定义距离的cutoff等原因，所以未显示，
不过想显示也容易
坛子里的高手已指明方法，你搜搜，管用
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2011-09-23 16:31:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

userhung

禁虫 (文学泰斗)
★
wohaihao(金币+1):谢谢参与
不懂，学习一下哦~~~~~~~~
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-09-24 22:53:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
wohaihao(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-09-29 17:17:14
氢键的显示，与相互距离和角度的设定有关。一般疏水作用在3.5~6A以内都可以。up to you!
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2011-09-29 16:49:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
lillian678904楼
2011-09-25 12:15   回复  
wohaihao(金币+1):谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 wohaihao 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭