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liyixmu

金虫 (小有名气)

[求助] 求高手帮我看看DGGE图片,为什么跑不开,非常感谢

我做的海水中的细菌,我用40%和60%的胶。30v预电泳30分钟。110v,5个半小时。结果感觉条带都集中在胶的中部,没有分开。是因为胶浓度的原因吗?那该用多大 的胶浓度呢?还有以前跑DGGE,loading buffer都是跑出来2个不同颜色的带(绿色和蓝色)但是这次只有一条绿色的带。求各位高手帮忙,非常感谢!
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金虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-09-20 11:04:20:
跑的时间不够了呀
你110伏电压差不多跑9-10小时吧
有人粗略的总结了个公式:电压乘上时间等于1000,首先你的时间肯定是没有跑够的了

恩,我也是觉得时间不够,不过就算时间再长点的话,估计还是跑不开。我觉得主要的问题是上面没有条带,还有条带分不开。你觉得胶浓度应该改变一下吗?谢谢
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4楼2011-09-20 13:20:28
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金虫 (小有名气)

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3楼: Originally posted by 木羊易 at 2011-09-20 12:58:26:
可以把胶浓度提高!比如10%,12%

你的意思是提高10%吗?那就改成50%和70%怎么样呢?谢谢
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6楼2011-09-20 13:21:24
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金虫 (小有名气)

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5楼: Originally posted by 小嫩瓜 at 2011-09-20 13:20:35:
我认为是胶浓度的问题!

我也是这样觉得的,正在想胶浓度的问题,不知道改成多大比较合适,应该调大点吧?还有就是感觉条带挤在一起跑不开,是不是这些DNA序列差别不大呀。那高浓度和低浓度胶的差别该多大呢?谢谢
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7楼2011-09-20 13:23:16
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金虫 (小有名气)

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9楼: Originally posted by power5 at 2011-09-21 09:34:34:
这个可能有两方面的原因:一是跑的时间太短了,可以延长一些,例如80
v16h,110v10h。如果跑的时间延长了还是这样那样,就是变性梯度太宽了,可以调成45%~55%。不过40%~60%的变性梯度已经很窄了,是不是样品比较 ...

谢谢,这是海水样品,按说不该这么少的条带的。我可能跑的有问题吧。我今天再试试45-55的。要是还不行,就再看看吧。
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10楼2011-09-21 12:53:34
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13楼: Originally posted by warrrraw at 2011-09-21 18:42:37:
可能是制胶的时候出了问题,导致梯度发生变化。海水的我也做过,正常情况下不会集中在一块的。

谢谢,可能跟我的pcr做的不好也有关吧,我的pcr产物跑的电泳图比较模糊,没有那么清晰。
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15楼2011-09-22 20:49:27
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14楼: Originally posted by jipojiong at 2011-09-22 09:39:06:
我想问问楼主 你的上样样品片段大小是多少?胶的浓度是8%的吗?

片段是v3区的,200bp。
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16楼2011-09-22 20:51:18
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zhang8826857(金币+1): 鼓励一下 2011-10-19 10:26:25
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13楼: Originally posted by warrrraw at 2011-09-21 18:42:37:
可能是制胶的时候出了问题,导致梯度发生变化。海水的我也做过,正常情况下不会集中在一块的。

正常情况下,海水样品确实条带挺多的,现在是条带这么集中,应该是没跑开。我尝试了好几个浓度梯度,再把45-55试试吧。我觉得电压高了,跑的不好,还是低电压慢慢跑吧。最近v3区的pcr做的也不好,条带模模糊糊的,郁闷啊
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17楼2011-09-22 20:54:15
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17楼: Originally posted by liyixmu at 2011-09-22 20:54:15:
正常情况下,海水样品确实条带挺多的,现在是条带这么集中,应该是没跑开。我尝试了好几个浓度梯度,再把45-55试试吧。我觉得电压高了,跑的不好,还是低电压慢慢跑吧。最近v3区的pcr做的也不好,条带模模糊糊的 ...

应该是样品的原因,提的DNA的原因
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20楼2011-10-22 13:46:42
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18楼: Originally posted by jipojiong at 2011-10-19 09:02:27:
不知道楼主这个问题解决了没? 我在实验中发现实验室的梯度混胶仪有问题,导致胶的下面是单一的高浓度 上面是单一的低浓度,有变性梯度的集中在胶中间很窄的一部分 ,实验结果也和楼主一样条带集中在中部。 楼主先 ...

是v3区,时间长点,电压低点,跑的效果比较好。
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21楼2011-10-22 13:47:10
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