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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求高手帮我看看DGGE图片，为什么跑不开，非常感谢
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小嫩瓜

木虫 (小有名气)
什么浓度我不懂，我们以前跑过一次也是没跑开，调了一下浓度就好多了，我们不是专门做这个的，我不懂，但是我们用的是200V跑3h。
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活的艰辛是因为执着和不放弃
11楼2011-09-21 14:50:29
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caisanrenju

木虫 (正式写手)
★
zhang8826857(金币+1): 鼓励一下 2011-10-19 10:26:09
引用回帖:
1楼: Originally posted by liyixmu at 2011-09-20 09:31:51:
我做的海水中的细菌，我用40%和60%的胶。30v预电泳30分钟。110v，5个半小时。结果感觉条带都集中在胶的中部，没有分开。是因为胶浓度的原因吗？那该用多大 的胶浓度呢？还有以前跑DGGE，loading buffer都是跑出来 ...

45%-55%
时间10h（110v）
30V预电泳是挠痒痒，可以提高电压110v
loading buffer不太用担心，可能是你换了一瓶。我直接用甘油都没问题
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12楼2011-09-21 16:44:45
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warrrraw

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
13楼2011-09-21 18:42:37
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jipojiong

木虫 (小有名气)
我想问问楼主 你的上样样品片段大小是多少？胶的浓度是8%的吗？
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咦~飞碟！！
14楼2011-09-22 09:39:06
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liyixmu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by warrrraw at 2011-09-21 18:42:37:
可能是制胶的时候出了问题，导致梯度发生变化。海水的我也做过，正常情况下不会集中在一块的。

谢谢，可能跟我的pcr做的不好也有关吧，我的pcr产物跑的电泳图比较模糊，没有那么清晰。
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don'tworry，behappy！
15楼2011-09-22 20:49:27
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liyixmu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by jipojiong at 2011-09-22 09:39:06:
我想问问楼主 你的上样样品片段大小是多少？胶的浓度是8%的吗？

片段是v3区的，200bp。
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don'tworry，behappy！
16楼2011-09-22 20:51:18
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liyixmu

金虫 (小有名气)
★
zhang8826857(金币+1): 鼓励一下 2011-10-19 10:26:25
引用回帖:
13楼: Originally posted by warrrraw at 2011-09-21 18:42:37:
可能是制胶的时候出了问题，导致梯度发生变化。海水的我也做过，正常情况下不会集中在一块的。

正常情况下，海水样品确实条带挺多的，现在是条带这么集中，应该是没跑开。我尝试了好几个浓度梯度，再把45-55试试吧。我觉得电压高了，跑的不好，还是低电压慢慢跑吧。最近v3区的pcr做的也不好，条带模模糊糊的，郁闷啊
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don'tworry，behappy！
17楼2011-09-22 20:54:15
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jipojiong

木虫 (小有名气)
★
zhang8826857(金币+1): 鼓励一下 2011-10-19 10:26:35
不知道楼主这个问题解决了没？ 我在实验中发现实验室的梯度混胶仪有问题，导致胶的下面是单一的高浓度 上面是单一的低浓度，有变性梯度的集中在胶中间很窄的一部分 ，实验结果也和楼主一样条带集中在中部。 楼主先检查一下仪器的问题吧。
还有也可能样品中菌的种类比较单一，片段的相似度高导致了，条带的集中。
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咦~飞碟！！
18楼2011-10-19 09:02:27
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宝杰罗生物

捐助贵宾 (小有名气)
送鲜花一朵
qinhy:编辑内容 2011-10-19 16:20
海水中的细菌种类不是很多，另外这里面影响因素很多，你用的是16S的V3区吗？还是其他区域？建议你用V3区PCR,时间控制在7-9个小时看看吧；

[ Last edited by qinhy on 2011-10-19 at 16:20 ]
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19楼2011-10-19 10:52:18
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liyixmu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by liyixmu at 2011-09-22 20:54:15:
正常情况下，海水样品确实条带挺多的，现在是条带这么集中，应该是没跑开。我尝试了好几个浓度梯度，再把45-55试试吧。我觉得电压高了，跑的不好，还是低电压慢慢跑吧。最近v3区的pcr做的也不好，条带模模糊糊的 ...

应该是样品的原因，提的DNA的原因
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don'tworry，behappy！
20楼2011-10-22 13:46:42
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