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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS 能量最小化出错，急求帮助
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tiamolhj

金虫 (小有名气)

[求助] MS 能量最小化出错，急求帮助

报错原因如下
Forcefield                D:\PROGRA~1\Accelrys\MATERI~1.0\etc\Gateway\..\..\share\Discover\res/compass.frc

Molecular data                CDMPC_unit__2_.mdf
Coordinate                CDMPC_unit__2_.car

Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C1(c)-O2(o1-)
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C4(c)-O4(o1-)
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C14(c)-O8(o1-)
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C21(c)-O9(o1-)
    while executing
"energy print +energies"

Total time used by DISCOVER: 0.37 secs

Completion date: Fri Sep 16 11:04:00 2011
Exiting Discover: An ERROR has occurred

中间的主链，糖环结构是根据文献中键长键角所画，侧链上的3个苯环结构（黄色区域）是需要优化的结构，结果出现上面的错误，请前辈帮助，怎么解决？
下面是我的结构




[ Last edited by tiamolhj on 2011-9-16 at 13:11 ]
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1楼 2011-09-16 11:06:09
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visualization

金虫 (小有名气)
C-O键的力场参数没有找到
MS里的键不是假的，是双键的需要画成双键才行
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7楼2012-05-08 22:58:42
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查看全部 7 个回答

theallz

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-09-22 13:49:49
tiamolhj(金币+2): 多谢，我试试 2011-09-22 16:58:08
引用回帖:
1楼: Originally posted by tiamolhj at 2011-09-16 11:06:09:
报错原因如下
Forcefield                D:\PROGRA~1\Accelrys\MATERI~1.0\etc\Gateway\..\..\share\Discover\res/compass.frc

Molecular data                CDMPC_unit__2_.mdf
Coordinate                CDMPC_unit__2_.car

Error: Energy exp ...

使用Discover计算是基于力场的，提示信息是说你的初始结构中有不能够被自动指定力场类型的原子。

建议手动对所有原子的力场类型进行指定。
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2楼2011-09-22 13:26:20
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tiamolhj

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by theallz at 2011-09-22 13:26:20:
使用Discover计算是基于力场的，提示信息是说你的初始结构中有不能够被自动指定力场类型的原子。

建议手动对所有原子的力场类型进行指定。

我将所有原子的立场都改为pcff立场 但是还是报同样的错误，请问这个是什么原因
赞一下 回复此楼
3楼2011-09-26 11:13:49
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tiamolhj

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by theallz at 2011-09-22 13:26:20:
使用Discover计算是基于力场的，提示信息是说你的初始结构中有不能够被自动指定力场类型的原子。

建议手动对所有原子的力场类型进行指定。

请问您是哪个学校或科研机构的，可以考虑下在你们那里做外包吗？
赞一下 回复此楼
4楼2011-09-26 11:16:16
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查看全部 7 个回答
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