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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS在建模添原子时的问题？？急求大侠帮助...
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1楼 2010-07-16 18:59:26
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fzx2008

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lvjian8596(金币+2):感谢交流！ 2010-07-16 20:52:49
请问，Add Atoms中有个选项叫coordinate system中你选上Fractional没有？
如果没有选分数坐标问题就在这个地方了。
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2楼2010-07-16 20:09:04
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clszxh02

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3楼2010-07-16 20:58:11
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fzx2008

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这个物质ICSD居然没有找到结构，我来google一把
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4楼2010-07-16 21:34:03
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5楼2010-07-16 22:57:40
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gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-17 11:58:56
aylayl08(金币+1):谢谢你的参考 2010-07-17 19:08:49
请参看江西师大欧阳楚英老师这篇文章中单胞的处理方法。
Ab initio studies of structural and electronic properties of  Li4Ti5O12 spinel
Electrochemistry Communications 9 (2007) 1107–1112


在MS中建模实现我是这样想的
先添加8a格位的Li和32e格位的O，这些是全占据的，难点是这个地方的16d格位的Li和Ti，分数占据，欧阳老师的方法是2Li+14Ti或者3Li+13Ti组合。所以先是添加16个Ti，然后依文献上能量低的那两种方案(3/8, 3/8, 5/8) and (5/8, 7/8, 7/8)或者(3/8, 3/8, 5/8) , (5/8, 7/8, 7/8) and (5/8, 5/8, 5/8)的Ti原子找出来替换成Li原子。

这种非计量结构的建模确实棘手，时间仓促，仅供参考。
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6楼2010-07-17 10:34:08
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gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-17 11:59:02
哦，你提供分数坐标的文章和欧阳老师文章所采用的是不同的坐标系

227号群有两种表示：一种是origin choice 1一种是origin choice 2，对16d的定义不一样，所以上面3/8之类要改

注意比较核对

[ Last edited by fzx2008 on 2010-7-17 at 17:03 ]
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7楼2010-07-17 11:00:40
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lvjian8596(金币+2):感谢交流！ 2010-07-17 17:39:11
找到氧原子挤在一起的真正原因了，你上面提到的分数坐标是227号群的第二种表达Wyckoff Positions of Group 227 (F d -3 m) [origin choice 2]，MS建模默认是choice1，请在Option中选择Origin-2，两种方式对格位的定义不一样。
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8楼2010-07-17 17:11:12
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