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临风7071

木虫 (正式写手)

[求助] 蛋白质三维结构预测

本人最近做蛋白,想看一下蛋白突变后的空间结构,即wild type和mutant的三维结构,哪位大侠有好的蛋白质结构预测网站推荐的啊?
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
临风7071(金币+2): 感谢!!! 2011-09-04 18:17:48
西瓜(金币+2): Good 2011-09-04 18:58:16
I-TASSER : http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/    楼主看下这个能不能用得上!提交的人较多,需要排队!一般两天之内可以返回!
jiayoubashaonian
2楼2011-09-04 17:05:16
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aayqaa

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
临风7071(金币+1): 2011-09-04 19:54:59
西瓜(金币+1): 鼓励应助 2012-01-11 16:03:18
swiss-model 也挺好用,可以试试看
3楼2011-09-04 19:53:49
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临风7071

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by aayqaa at 2011-09-04 19:53:49:
swiss-model 也挺好用,可以试试看

怎么用啊?今天看了一下,不会用,找不到输入序列的地方
4楼2011-09-04 19:54:47
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aayqaa

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

临风7071(金币+1): xiexie 2011-09-04 22:16:52
引用回帖:
4楼: Originally posted by 临风7071 at 2011-09-04 19:54:47:
怎么用啊?今天看了一下,不会用,找不到输入序列的地方

http://swissmodel.expasy.org/wor ... RID&token=TOKEN
貌似是这个,记不清了,可以试试看
5楼2011-09-04 20:19:51
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hf2016

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-09-05 18:44:01
同源建模法( Homology/Comparative modelling )
基于序列同源比对,对于序列相似度>30%的序列模拟比较有效,最常用的方法

http://swissmodel.expasy.org/
一切开始于结束之后
6楼2011-09-05 12:40:30
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hf2016

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-09-05 18:44:08
要选择左侧的Modelling 里面的模式Automated Mode、 Alignment Mode
或者Project Mode进去然后就会出现email 和序列的输入框,
一切开始于结束之后
7楼2011-09-05 12:46:31
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ganchao1776

至尊木虫 (职业作家)

8楼2011-09-05 14:58:58
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★ ★ ★
dhd997(金币+3): 很给力啊 2011-09-05 18:44:36
临风7071(金币+1): 谢谢 2011-09-05 23:06:29
临风7071(金币+1): 2011-09-06 13:58:13
http://linux1.softberry.com/berry.phtml
老板在康奈尔大学的时候就用这个!
真相是最大的奢侈品
9楼2011-09-05 15:22:29
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wlwabcd

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by wanhscn at 2011-09-05 15:22:29:
http://linux1.softberry.com/berry.phtml
老板在康奈尔大学的时候就用这个!

请问怎么用softberry来预测蛋白质三维结构啊,序列是怎么输进去的?那个ent格式的文件是怎么回事?谢谢!
10楼2012-01-10 22:29:11
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