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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs中加入离子
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liuyusuc

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yj112358

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1楼2011-09-01 18:58:00
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yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢· 2011-09-04 15:04:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by xulinan at 2011-09-03 01:56:54:
替换的时候是直接替换的一个分子，至于坐标大概是质心的，你可以自己算算看，由于top里写入的分子数，所有你改了top后运行不会有问题。你说的带电体系我没做过，个人认为这样是不合理的，因为生理条件下没有这种带 ...

我估计楼主是原系统带电荷，需要添加离子中和电性吧。

我的理解是，离子换掉水分子之后，做平衡的时候就让程序自己算了。初始位置对最后结果不会有太大的影响。
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5楼2011-09-03 20:49:02
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xulinan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
liuyusuc(金币+2): 感谢你的帮助！ 2011-09-02 12:05:40
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-09-02 15:21:14
加离子其实是一个替换过程，我们通常加到sol中，其实是用离子替换了水，所有你在top中得相应的有所改动，总数是不变的；加入的离子类型是力场中定义好的，如果力场中没有你所需的离子你可以选择更换合适的力场；加入离子的数量可以根据中和电荷来定，也可以通过你所需要的模拟体系设置成一定的浓度
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2楼2011-09-02 08:09:33
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liuyusuc

禁虫 (正式写手)
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3楼2011-09-02 12:10:17
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xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢· 2011-09-04 15:04:26
替换的时候是直接替换的一个分子，至于坐标大概是质心的，你可以自己算算看，由于top里写入的分子数，所有你改了top后运行不会有问题。你说的带电体系我没做过，个人认为这样是不合理的，因为生理条件下没有这种带电环境，做模拟的一般都要找相关的实验数据支持的，如果你看到过带电体系的实验或模拟你可以做，如果是你自己想的建议先别做了。
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4楼2011-09-03 08:56:54
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