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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs中加入离子
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liuyusuc

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yj112358

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1楼2011-09-01 18:58:00
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yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢· 2011-09-04 15:04:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by xulinan at 2011-09-03 01:56:54:
替换的时候是直接替换的一个分子，至于坐标大概是质心的，你可以自己算算看，由于top里写入的分子数，所有你改了top后运行不会有问题。你说的带电体系我没做过，个人认为这样是不合理的，因为生理条件下没有这种带 ...

我估计楼主是原系统带电荷，需要添加离子中和电性吧。

我的理解是，离子换掉水分子之后，做平衡的时候就让程序自己算了。初始位置对最后结果不会有太大的影响。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-09-03 20:49:02
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