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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 关于筛选和鉴定细菌(16S rRNA)
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aegeansea

金虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by 西门炊饼 at 2011-08-31 08:49:51:
我的目的就是把样品里的菌（比如说共50种菌）能够比较完整的分离出来（分离出来30种或40种）

测序只能鉴定 不能分离
要分离的话 还是要克隆的 这个工作没法省
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11楼2011-08-31 10:34:36
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yemuren

铁杆木虫 (正式写手)
首先，我同意楼主先用16s来鉴定，一般情况下16s能鉴定到属，得到想要的后再用生理生化鉴定，工作量会小很多。但是，LZ的分子鉴定方法有待商榷，菌落不纯，或者不是单克隆，那么测序结果就会出现双峰或杂峰，这样的结果是无效的，所以建议LZ还是划线纯化一下，细菌还是比较好纯化的。
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我的专长叫做流浪，所以我就做了流氓~
12楼2011-08-31 10:38:35
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西门炊饼

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by yemuren at 2011-08-31 10:38:35:
首先，我同意楼主先用16s来鉴定，一般情况下16s能鉴定到属，得到想要的后再用生理生化鉴定，工作量会小很多。但是，LZ的分子鉴定方法有待商榷，菌落不纯，或者不是单克隆，那么测序结果就会出现双峰或杂峰，这样的 ...

我是这么想的
如果先做生化鉴定：
比如说，用样品我划了一块板，假设这块板上有50个单克隆菌落，有20种菌，如果我一种菌都不想漏过，需要每个单克隆菌落都划板，需要划50块板，到最后需要做50个生化鉴定。如果我有10个样（当然远不止这么多），就得划2000+（50*10再纯化三代）块板，500次生化鉴定。这样的工作量和花费肯定不允许，那么我只能一个样挑15个左右单克隆划板，这样，很可能我错过了新细菌和我感兴趣的菌。

如果先扩增16S rRNA：同样地情况下，50个菌落我全部挑到EP管里摇菌，最后测序，保留菌液，分析测序结果后，筛选需要的菌，保留的菌液再去划线做生化鉴定。虽然没经过纯化三代，也许里面有相当一部分不纯，但也比挑10个划线得到的菌多，更完整。
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13楼2011-09-01 11:25:26
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西门炊饼

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by aegeansea at 2011-08-31 10:34:36:
测序只能鉴定 不能分离
要分离的话 还是要克隆的 这个工作没法省

我是这么想的
如果先做生化鉴定：
比如说，用样品我划了一块板，假设这块板上有50个单克隆菌落，有20种菌，如果我一种菌都不想漏过，需要每个单克隆菌落都划板，需要划50块板，到最后需要做50个生化鉴定。如果我有10个样（当然远不止这么多），就得划2000+（50*10再纯化三代）块板，500次生化鉴定。这样的工作量和花费肯定不允许，那么我只能一个样挑15个左右单克隆划板，这样，很可能我错过了新细菌和我感兴趣的菌。

如果先扩增16S rRNA：同样地情况下，50个菌落我全部挑到EP管里摇菌，最后测序，保留菌液，分析测序结果后，筛选需要的菌，保留的菌液再去划线做生化鉴定。虽然没经过纯化三代，也许里面有相当一部分不纯，但也比挑10个划线得到的菌多，更完整。
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14楼2011-09-01 11:26:20
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quiller2000

木虫 (著名写手)
这个，好吧！
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致良知
15楼2011-09-02 00:39:51
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abduwaly

新虫 (初入文坛)
你好，微生物分离鉴定可分为可培养微生物鉴定和不可培养微生物鉴定。可培养法是需要必须经过细心培养和纯化。而不可培养法不需要分离，只是把总DNA提取进行PAGE电泳即可得到样品中的细菌类型。但不能获得菌落的信息。从你的描述来看你是想做可培养细菌的鉴定，那么必须经过细心培养，纯化和鉴定。如果你的目的是分离有意义的细菌那么要用两种以上的培养基，觉得工作量多可选择一种培养基（注意不要用LB和TSA培养基），最好是适合你的样品生长的培养基（需自己查资料）。另外我建议你你所说的VITEK2，COMPAT等仪器是人体微生物检验专用，含有少数工业微生物，不适合土壤微生物。所以你要考虑你的样品和你想获得什么类型的微生物。
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16楼2011-09-02 01:47:15
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西门炊饼

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
16楼: Originally posted by abduwaly at 2011-09-02 01:47:15:
你好，微生物分离鉴定可分为可培养微生物鉴定和不可培养微生物鉴定。可培养法是需要必须经过细心培养和纯化。而不可培养法不需要分离，只是把总DNA提取进行PAGE电泳即可得到样品中的细菌类型。但不能获得菌落的信 ...

谢谢，谢谢，其实我不是微生物专业的，我是昆虫专业的，不幸给硬拉过来做微生物。我的样品是苍蝇携带菌。
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17楼2011-09-02 11:47:32
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toughman

新虫 (著名写手)
分离出来的菌
当然要先测16S
其他都是后话
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18楼2011-09-04 09:18:35
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esigui

铁杆木虫 (职业作家)

怕见光
正好需要用  谢谢此贴  受用了
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很饿很饿总是吃不饱
19楼2011-09-08 08:24:57
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nancyyazi

铜虫 (小有名气)
我觉得你既然是分离细菌（我不清楚你要分离的是什么细菌），至少要经过初筛和复筛吧。筛选出来比较好的也就那么几株，你再进行生理生化鉴定和16s RNA，这样工作量就会小很多。
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20楼2011-09-08 09:04:04
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