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西门炊饼铁虫 (初入文坛)
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[求助]
关于筛选和鉴定细菌(16S rRNA)
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目前我的实验需要将样品中细菌分离出来并鉴定，希望能分离出我感兴趣的菌，如果能发现新细菌就更好了，对于如何筛选和鉴定，我有这样的难题： 感觉用Vitek-2自动分析仪鉴定菌工作量太大，而且费时间，首先得将样品用几种增菌液增菌，然后增菌液又划到几种筛选平板上，平板上挑单菌落划线，接种3代以上纯化，然后革兰氏染色（这步工作量大），最后拿去全自动微生物分析仪上去分析，鉴定卡贵，还不一定能全给鉴定出来，忒麻烦。往往一天要划上百块平板，如果做得多，更恐怖。 我的目的是筛菌，理想结果是筛到我感兴趣的菌，或者是新细菌。现在琢磨着用扩增16S rRNA，然后去测序的方法来筛菌，最后再拿去微生物自动分析，这样筛到新细菌的可能性大。我准备这么做，开始的步骤一样，首先得将样品用几种增菌液增菌，然后增菌液又划到几种筛选平板上，这时不挑单菌落纯化了，直接将筛选平板上的有代表性的单菌落（初步定为一块板10个左右，用以前的办法只能挑1-3个，不然工作量会吓死人）挑到盛有营养肉汤的EP管里去摇，摇好了后直接拿去菌液PCR，引物用16S rRNA的通用引物，扩增好了就送去测序。 不知道这样的方法是否可行，敬请高人指点，恳请大家畅所欲言。我知道这个方法存在的一个问题：首先，我挑到的单菌落有可能不是单种细菌，可能是两种甚至多种细菌，这样菌液PCR扩增出来的就不是一种片段，而是几种片段，由于我不太清楚测序的过程，这种情况下测序会测出什么结果我也无法预计。强调一点：我的目的是筛菌，不是一定要把每个都准确的测出来。 [ Last edited by 西门炊饼 on 2011-8-29 at 13:54 ] |
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12楼2011-08-31 10:38:35
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