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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请教荧光定量PCR的问题
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wuwu3660

铁虫 (小有名气)

[求助] 请教荧光定量PCR的问题

请教一下，做荧光定量PCR做SNP检测或者物种鉴别时，SNP位点或物种特异位点应该设计在探针的哪里呢？有人说5'端，有人说中间，不知这里有没有人做过？
不知如果探针和模板不完全匹配（个别SNP碱基不匹配），real-time PCR是完全不能进行还是扩增效率降低呢？也就是taq酶有没有单链的外切酶活性
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1楼 2011-08-26 10:16:09
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

★ ★
adslye(金币+2): 感谢交流~祝顺利！ 2011-08-27 07:57:13
RT-PCR
这种情况下，SNP在引物的3‘端，就不能用高保真酶，因为其具有外切活性。
不知如果探针和模板不完全匹配（个别SNP碱基不匹配），real-time PCR一般是扩增效率降低。
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真相是最大的奢侈品
3楼2011-08-26 22:24:53
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adslye

银虫 (正式写手)
★ ★
lstt09nk(金币+2): 感谢参与 2011-08-26 19:09:07
没做过鉴别。不过提醒下你可以直接联系仪器厂商。荧光定量这种机器的下游服务一般都很到位。
比如我们用的ABI的，公司先会培训，然后还会跟踪回访，帮我们解决使用中的问题，也包括实验设计问题。
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2楼2011-08-26 15:14:53
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dovekaoyan

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
adslye(金币+1): 鼓励鼓励~~常来哦·~ 2011-08-29 09:59:01
建议问一下仪器厂家的售后，比这里得到的答案应该更权威一些
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4楼2011-08-29 09:02:52
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