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12zhangwei

新虫 (小有名气)

[求助] 提出来是一回事,提得好是另外一回事-----RNA

心哇凉哇凉地,电泳检测RNA条带是好的,可是测完吸光值之后,才明白又得从头再来。提了五个样
        浓度(ng/ul)      A260/A280
       51.3                         1.4
           36.9                           1.28
           57.  1                         1.34
           56.8                         1.3
          25.1                         1.35
仅拿出一个样来说,其A260=0.628
                                          A280=0.466
                                     A260/230=0.44
知道这些值的意义,是蛋白污染吗,取上清已经很小心了,别人说烟草的浓度差不多应该在1000多。唉
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12zhangwei

新虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
西瓜: 你的金币已经发完了,可以点击你第一楼的“追加悬赏金币”;另外,如果回答者没有选择“确定应助回帖”,那你也发布了金币,这种情况就不需要给他奖励了。 2011-08-11 11:53:42
西瓜(金币-4): 代发金币用 2011-08-13 00:29:03
我想做定量,所以要求严格。谢谢大家的回复,为什么我只能给第一个应助者手工发金币?
6楼2011-08-11 09:50:05
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gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+3): Good 2011-08-10 23:19:30
12zhangwei(金币+1): 2011-08-11 09:01:55
西瓜(金币+2): 代楼主发 2011-08-13 00:28:07
1,“分子克隆”第三版有下面两段话: DNA 和 RNA 纯制品的 OD260:OD280 值分别是 1.8 和 2.0,若样品中蛋白或酚的污染较严重,则 OD260:OD280 低于上述两个数值 (p1695 倒数第 5 行)。水饱和酚在 270nm 处有特征性吸收,其 OD260:OD280(此处疑似为270:280,原因参见:http://www.med66.com/html/ziliao ... ecd07108a85983f.htm) 比值为 2 (p1697 的框内倒数第 2 行)。
2,260nm、230nm、下的吸光度分别代表了核酸、盐浓度的吸光度值,OD260/OD230<2说明去盐不充分,可以再次沉淀和70%乙醇洗涤。
,A230nm处有强吸收,有酚盐离子、硫氰酸盐或者其他有机化合物污染(分子克隆:p1697)OD260/230 大大低于 2,但 OD260,OD280 几乎不变。
3,样品中A260/A280低于2,A260/A230也低于2.0,可能存在蛋白质污染、盐离子没有除干净等问题。
4,关于A260/A280判断纯度的正确性问题。
通常,使用 A260/A280 判断核酸的纯度。A260/A280 是一个给大家带来许多困惑的指标。以RNA为例,首先要明确该指标用于核酸的原始含义是:纯的 RNA,其 A260/A280 = 2.0 左右。纯 RNA 是‘因’,A260/A280 = 2 是‘果’。现在大家却在拿 A260/A280 当‘因’用,认为“如果 A260/A280 = 2,所以 RNA 是纯的”,自然会产生困惑。有兴趣的话,可以在你的 RNA 样品中加入一点抽提中经常使用的试剂,如苯酚,异硫氰酸胍,PEG 等,再测 A260/A280 比值。现实是,许多抽提 RNA 时使用的试剂,以及样品中的许多杂质都在 A260 和 A280 处附近有吸收,对 A260/A280 产生影响。
目前最具有指导性的做法是:对 RNA 样品在 200-300 nm 范围扫描。纯 RNA 的曲线具有如下特点:曲线平滑,A230 和 A260 是两个拐点,A300 接近 0,A260/A280 = 2 左右,A260/A230 = 2 左右,A260/A215 = 1 左右。如果没有扫描数据,除了测定 A260/A280 比值外,也一定要测定 A260/A230 比值,因为该比值对所有影响酶反应的杂质的残留更敏感。另外,要考虑设备的线形范围 (如 A260 要处于 0.1 - 0.5 之间),超出线形范围的读数没有太大参考价值的。另外有两个有趣的现象:在水中测定 A260/A280,比值将变低 0.3 左右;而在 10mM EDTA 中测定的比值比在 1mM EDTA 中测定的高 0.2 左右。这两点也是要注意的,所以当我们用DEPC处理过的水溶解RNA并测定其260/280比值的时候,往往都是小于2.0的。
此段来源于:http://blog.163.com/qcp_0451/blog/static/13604755520100254040361/
2楼2011-08-10 22:52:06
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w2boluo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+4): 很有经验啊! 2011-08-10 23:19:16
西瓜(金币+2): 代楼主发 2011-08-13 00:28:27
你用的比色杯是多少微升的?这个很关键。
一般而言,我们用的紫外分光光度计的读数只有在OD值0.1到1之间才比较准,低于0.1或者高于1,都要打折扣。电泳图片好才是真的好。
我用过的杯子50ul的塑料杯,比较准,100ul的石英杯是不折不扣的杯具,读数任何时候都在乱跳。了解一下别人的OD值指标如何也行。
但多数时刻,我们提的RNA由于体积不够,都必须稀释,稀释后的吸光度必须落在0.1到1之间。如果电泳图片好,我选择无视吸光度,直接反转录。
How about the future?
3楼2011-08-10 22:53:15
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gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, MolEPI+1): 一起奖励!不过如果是做定量什么的,这些数值还是尽量满足的好。 2011-08-10 23:18:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by w2boluo at 2011-08-10 22:53:15:
你用的比色杯是多少微升的?这个很关键。
一般而言,我们用的紫外分光光度计的读数只有在OD值0.1到1之间才比较准,低于0.1或者高于1,都要打折扣。电泳图片好才是真的好。
我用过的杯子50ul的塑料杯,比较准,1 ...

有好多童鞋不做吸光度测定的,直接反转录,其实测定了之后值不是很好,比如A260/A280小于2,下一步也未必不成功的。
4楼2011-08-10 23:03:08
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