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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 为什么我的gaussian文件计算最终都是非正常结束，而且没有gibbs自由能这一项。
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il701

木虫 (著名写手)

[求助] 为什么我的gaussian文件计算最终都是非正常结束，而且没有gibbs自由能这一项。

我是菜鸟，不是计算化学专业的。最近要计算以下几种化合物的gibbs能。计算时输入文件的格式都是一样的，但是除了4和5能正常结束外（我一般找的是log文件最后一行里的Normal termination of Gaussian 03 at 。。。。），其它都不能正常结束，而非正常结束就没有gibbs能（不正常的log文件和相应的输入文件com见附件）。不知道哪里出了问题，是输入格式不对（五个文件都是一样的格式啊），不是结构不对，求高手指点。

我是在自己的电脑上先建好com文件，再提交给中科院计算机网络信息中心计算的。
我用的输入文件格式如下：
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
%mem=2000MB
%nprocshared=8
# opt=gdiis freq=noraman b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                 -4.82967800   -0.63082800   -0.00002600
C                 -3.61709700    0.30179200   -0.00000200
H                 -4.80529600   -1.27891000    0.88545300
H                 -4.80529100   -1.27887300   -0.88553300
C                 -2.29119700   -0.46844600   -0.00001400
H                 -3.67378500    0.95475100   -0.87980400
H                 -3.67379100    0.95471400    0.87982700
H                 -2.24945100   -1.12726100    0.87942200
H                 -2.24944500   -1.12722400   -0.87947800
C                 -1.06260900    0.45105500    0.00000900
C                  0.26574600   -0.31622000   -0.00000300
H                 -1.10258200    1.10921900    0.87887400
H                 -1.10257600    1.10925600   -0.87882900
C                  1.47901300    0.61445300    0.00002000
H                  0.30923800   -0.97036700    0.88243100
H                  0.30924400   -0.97033100   -0.88246400
H                  1.45675700    1.26864700   -0.88037500
H                  1.45675100    1.26861200    0.88044100
N                  2.71807400   -0.15491600    0.00000700
N                 -6.06570700    0.12785200   -0.00001400
C                 -7.25937700   -0.03397800   -0.00002300
O                 -8.44226400   -0.05999400   -0.00002700
C                  3.93627400    0.44817000    0.00001700
O                  4.12017700    1.65627700    0.00002300
O                  4.93091600   -0.48362500    0.00001000
C                  6.27973000    0.03812400    0.00001000
H                  6.41485000    0.66824200    0.88447600
H                  6.41484900    0.66824200   -0.88445600
C                  7.22588500   -1.14813200    0.00001000
H                  7.07613100   -1.77024200   -0.88780700
H                  7.07613200   -1.77024200    0.88782600
H                  2.68936700   -1.16366300    0.00000900
C                  8.68233738   -0.64778566    0.00000859
C                  9.64009190   -1.80253946   -0.00000048
H                  8.83200940   -0.01003615    0.90493367
H                  8.83200120   -0.00995207   -0.90485133
H                 10.69667511   -1.44003927   -0.00006150
H                  9.49007066   -2.44018490    0.90497444
H                  9.49001387   -2.44024116   -0.90492456

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 20 1.0
2 5 1.0 6 1.0 7 1.0
3
4
5 8 1.0 9 1.0 10 1.0
6
7
8
9
10 11 1.0 12 1.0 13 1.0
11 14 1.0 15 1.0 16 1.0
12
13
14 17 1.0 18 1.0 19 1.0
15
16
17
18
19 23 1.5 32 1.0
20 21 2.0
21 22 2.0
22
23 24 2.0 25 1.0
24
25 26 1.0
26 27 1.0 28 1.0 29 1.0
27
28
29 30 1.0 31 1.0 33 1.0
30
31
32
33 34 1.0 35 1.0 36 1.0
34 37 1.0 38 1.0 39 1.0
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38
39
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++[ Last edited by il701 on 2011-7-20 at 21:22 ]
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1楼 2011-07-20 21:15:58
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

il701(金币+5): 谢谢，我试试。但是我计算的时间应该不长啊，以前也算过，用的时间比这次还长，也没有出现问题。 2011-07-21 17:15:11
引用回帖:
Originally posted by il701 at 2011-07-21 14:57:56:
可是我每次都是用bjobs命令看了，显示的是no unfinished job了才认为算完的啊。

看一下LSF的输出文件，那里面应该有退出的说明（前提是你提交作业的时候指定了-o参数）。有可能是被作业管理系统（LSF）给停掉了，我记得原来中科院超算上的作业有运行时间限制。或者直接和他们的技术人员沟通一下
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6楼2011-07-21 15:45:53
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

il701(金币+10): 那应该怎么操作，我用bjobs命令显示是所有job都已经结束啊？高手帮忙！！！ 2011-07-21 08:48:26
什么叫做都非正常结束？明明就还没结束，附件5和6都已经收敛找到能量稳定点了，在算频率呐.
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2楼2011-07-20 21:47:02
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
附件5                                          
Job cpu time:  0 days  3 hours 20 minutes  6.1 seconds.                              
File lengths (MBytes):  RWF=    129 Int=      0 D2E=      0 Chk=     18 Scr=      1   
Normal termination of Gaussian 03 at Wed Jul 20 17:06:07 2011.                        
Link1:  Proceeding to internal job step number  2.                                    
---------------------------------------------------------------------                 
#N Geom=AllCheck Guess=Read SCRF=Check GenChk RB3LYP/6-31+G(d,p) Freq
附件6
Job cpu time:  0 days  7 hours  8 minutes 52.7 seconds.                                 
File lengths (MBytes):  RWF=    145 Int=      0 D2E=      0 Chk=     20 Scr=      1      
Normal termination of Gaussian 03 at Wed Jul 20 18:11:36 2011.                           
Link1:  Proceeding to internal job step number  2.                                       
---------------------------------------------------------------------                    
#N Geom=AllCheck Guess=Read SCRF=Check GenChk RB3LYP/6-31+G(d,p) Freq                    
---------------------------------------------------------------------
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3楼2011-07-20 21:52:49
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
这个...汗...楼主应该多等一段时间，直至文件末尾出现“Normal termination of Gaussian 03 at 。。。。”为止
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4楼2011-07-21 11:07:57
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