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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 求助！gauss03中BSSE校正的问题
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一若旧梦

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求助！gauss03中BSSE校正的问题

求助！gauss03中BSSE校正的问题
我想计算α-硝基萘和TNT之间能否形成氢键，通过MP2/6-311++G(d，p)分别计算了α-硝基萘的单点能和TNT 的单点能以及两个分子在一起的单点能。再通过ΔE=E（AB）-E(A)-E(B)得到能量差。可是这个能量差不准确，必须通过BSSE方法校正，可是为什么我用BSSE总是出错啊！










如图所示：










我的输入命令是：%Section    %Chk=Untitled-3.chk

              Route Section   # RMP2(FC)/6-311++G(d,p) Opt  counterpoise=2

              Title  Section   Untitled-3

              Charge, Multipl.  0  1

                               Molecule Specification
  6             0        4.560338    1.618156   -0.089617
     6             0        5.815798    2.128637    0.006929
     6             0        6.947036    1.283478    0.066041
     6             0        6.784170   -0.061692    0.015170
     6             0        5.489676   -0.633954   -0.095308
     6             0        4.358101    0.211032   -0.138311
     6             0        5.329559   -2.042418   -0.168744
     6             0        4.104053   -2.609191   -0.302790
     6             0        2.960555   -1.788481   -0.370841
     6             0        3.095672   -0.440260   -0.278208
     7             0        1.851536    0.318887   -0.307856
     8             0        0.979426   -0.076342   -1.027925
     8             0        1.745112    1.272264    0.401756
     1             0        3.720588    2.279786   -0.122468
     1             0        5.950383    3.194907    0.041058
     1             0        7.929867    1.711497    0.147559
     1             0        7.635528   -0.718198    0.052724
     1             0        6.208541   -2.660664   -0.119206
     1             0        3.990983   -3.675860   -0.356456
     1             0        1.984077   -2.219849   -0.470608
     6             0       -4.393816   -0.268290   -0.114353
     6             0       -4.165297    1.091910   -0.154956
     6             0       -2.899300    1.551491    0.125910
     6             0       -1.867735    0.685845    0.416007
     6             0       -2.138816   -0.667592    0.390910
     6             0       -3.398543   -1.216266    0.133778
     7             0       -2.651605    2.986795    0.118065
     8             0       -1.554001    3.353102    0.393576
     8             0       -3.570078    3.695433   -0.161413
     7             0       -5.787655   -0.652856   -0.348590
     8             0       -6.281296   -1.450078    0.387876
     8             0       -6.349490   -0.101933   -1.242956
     7             0       -0.993158   -1.534300    0.664498
     8             0       -0.866756   -2.522888    0.010059
     8             0       -0.246588   -1.182288    1.523525
     6             0       -3.636555   -2.710756    0.091020
     1             0       -4.957460    1.773358   -0.387866
     1             0       -0.880207    1.047595    0.619990
     1             0       -3.165340   -3.118989   -0.792426
     1             0       -4.685152   -2.941190    0.083654
     1             0       -3.185643   -3.190125    0.949416

如果不对，谁能告诉我BSSE的输入命令怎么输啊！！请尽量说详细点！！是不是跟Charge, Multipl有关？多谢啊！
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1楼 2012-06-22 16:13:47
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2012-06-22 17:08:18
首先你没有设置分子片段，哪个部分是分子片段1，哪个是分子片段2。
第二，你没有设置分子片段的电荷数和多重度，有个分子片段1的电荷数、多重度，分子片段2的，以及总的
第三，内存是不是没有设置，导致太小了算不下去？
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叫老猫的兔子
2楼2012-06-22 17:01:42
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普通回帖

一若旧梦

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gujing136 at 2012-06-22 17:01:42
首先你没有设置分子片段，哪个部分是分子片段1，哪个是分子片段2。
第二，你没有设置分子片段的电荷数和多重度，有个分子片段1的电荷数、多重度，分子片段2的，以及总的
第三，内存是不是没有设置，导致太小了算不 ...

怎么设置分子片段1 和 分子片段2 啊？
2、怎么设置分子片段的电荷数和多重度啊？
本人小菜鸟，能不能说详细点。有没有相关资料？本人无限感激！
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3楼2012-06-22 22:51:46
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finesun

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
很简单，如 甲醇+水，gjf文件如下：
%chk=1.chk
%mem=12mw
# MP2/6-311++G(d,p) Opt  counterpoise=2

Title Card Required

0 1
C                 -2.23131677    1.63583155    0.20830109 1
H                 -1.87466234    0.62702155    0.20830109 1
H                 -1.87464393    2.14022974   -0.66535042 1
H                 -3.30131677    1.63584473    0.20830109 1
O                 -1.75464185    2.30993380    1.37589142 1
H                 -2.07440054    3.21511567    1.37630755 1
O                 -2.03197324    4.67082275    1.66933740 2
H                 -1.57666283    4.95221274    2.46627661 2
H                 -2.59015021    5.38381576    1.35046526 2
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4楼2012-06-23 10:46:36
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夏天的娃

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
一若旧梦: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-06-24 13:50:08
一、电荷和多重度那一行，需要输入总体系电荷和多重度，片段一的电荷和多重度，片段二的电荷和多重度。都是使用空格隔开
二、在描述分子坐标的时候，每个原子结尾空格再加上数字1 或2,3.。。。n，n为你的总分子个数，表示该原子属于第一个分子或第n个分子。
三、内存可能不够，你可以适当增大。。
贴上一点我的为例：

%chk=MS-W_c0.chk
%nprocshared=2
%mem=300MW
# opt freq rb3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity counterpoise=2 pop=chelpg

****

-1 1 -1 1 0 1
S                  2.65937359   -1.23767582   -0.88834234 1
O                  4.12948866   -1.40064075   -0.84694120 1
O                  2.24316655   -0.78869888    0.71240327 1
O                  1.88679986   -2.47813609   -1.03903157 1
O                  2.20454403   -0.09649792   -1.71319569 1
C                  2.84981075    0.40988686    1.16713828 1
H                  2.49748609    0.56773312    2.19070079 1
H                  3.94320578    0.32569657    1.16704610 1
H                  2.55616883    1.26377557    0.54485489 1
O                  0.60081140   -2.82173918    1.56529076 2
H                  0.89189018   -3.05353929    0.67820546 2
H                  1.06612163   -2.00659723    1.77602391 2

1 2 2.0 3 1.0 4 2.0 5 2.0
2
3 6 1.0
4
5
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0
7
8
9
10 11 1.0 12 1.0
11
12
  之前老是在木虫上找解i决问题的方法，第一次应助希望能帮到你
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-23 12:11:57
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一若旧梦

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 夏天的娃 at 2012-06-23 12:11:57
一、电荷和多重度那一行，需要输入总体系电荷和多重度，片段一的电荷和多重度，片段二的电荷和多重度。都是使用空格隔开
二、在描述分子坐标的时候，每个原子结尾空格再加上数字1 或2,3.。。。n，n为你的总分子个数 ...

能不能加下你QQ？我有好多问题要问，我的QQ604518859
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6楼2012-06-23 13:49:13
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一若旧梦

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by finesun at 2012-06-23 10:46:36
很简单，如 甲醇+水，gjf文件如下：
%chk=1.chk
%mem=12mw
# MP2/6-311++G(d,p) Opt  counterpoise=2

Title Card Required

0 1
C                 -2.23131677    1.63583155    0.20830109 1
H       ...

谢谢！如果是两个中性分子，电荷数和多重度都是设置的 0 1 ？
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7楼2012-06-23 23:19:49
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一若旧梦

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 夏天的娃 at 2012-06-23 12:11:57
一、电荷和多重度那一行，需要输入总体系电荷和多重度，片段一的电荷和多重度，片段二的电荷和多重度。都是使用空格隔开
二、在描述分子坐标的时候，每个原子结尾空格再加上数字1 或2,3.。。。n，n为你的总分子个数 ...

你的电荷数和多重度为什么设置-1 1 -1 1 0 1？
后面的1 2 2.0 3 1.0 4 2.0 5 2.0
2
3 6 1.0
4
5
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0
7
8
9
10 11 1.0 12 1.0
11
12
代表什么意思？呵呵，问题比较繁琐。
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8楼2012-06-23 23:21:36
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夏天的娃

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 一若旧梦 at 2012-06-23 23:21:36
你的电荷数和多重度为什么设置-1 1 -1 1 0 1？
后面的1 2 2.0 3 1.0 4 2.0 5 2.0
2
3 6 1.0
4
5
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0
7
8
9
10 11 1.0 12 1.0
11
12
代表什么意思？呵呵，问题比较繁琐。...

第一个-1 1代表总的电荷和多重度，第二个-1 1代表第一个片段的（它是个阴离子），第三个0 1代表第二个片段的，是中性分子。
坐标后面的数字是因为我用的GV建模的，带了原子链接，这个没关系，没有也可以
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9楼2012-06-24 10:28:58
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spearous

金虫 (正式写手)
总体系和片段的电荷，自旋多重度间，其实不用空格，用逗号隔开也可以的。。。
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10楼2012-06-26 12:11:14
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