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xiaoyang1010

金虫 (小有名气)

[求助] 我算的C60碳谱不是单峰,该怎么办 已有3人参与

那位大侠算过C60的NMR,理论上讲C60的碳谱应该是单峰,在143 ppm左右,为什么我用Gauss09算的在149-152 ppm有N多峰(如图)?有什么方法可以解决这个问题不?
C60优化用的是#p b3lyp/6-31g* opt=Cartesian freq=noraman
优化后,计算NMR用的是#p nmr=giao B3LYP/6-311+g(2d,p)
我用同样的方法算TMS,结果碳谱竟然是四个峰,也不是单峰!这该怎么办?小弟还是新手,望各位大牛指点一二啊!我算的C60碳谱不是单峰,该怎么办
C60碳谱计算结果.jpg
第一次上传图片,出了点小问题,附件1和附件2是一样的,都是我计算的C60的碳谱的截图
附件3是我计算的.log文件[ Last edited by xiaoyang1010 on 2013-12-23 at 19:21 ]
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  • 附件 1 : C60碳谱.jpg
  • 2013-12-23 19:04:18, 141.26 K
  • 附件 2 : C60碳谱计算结果.jpg
  • 2013-12-23 19:04:40, 141.26 K
  • 附件 3 : C60-c.log
  • 2013-12-23 19:09:52, 96.04 K

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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaoyang1010: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常好 2013-12-24 10:05:26
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoyang1010 at 2013-12-23 19:30:42
我感觉也是这个问题,我在Point Group里查了一下,优化后是Ci对称性,比实际的Ih对称性要低,该加什么命令来对称性控制呢?...

point group不光能查看对称性,也能对分子进行对称化操作。

从GV的模板中拿出来的C60并不是严格对称的,附件图Point Group Symmetry窗口的左上角的对勾点上后,你可以看到
Current point group一项是Ci,说明当前的结构不是预期的Ih,但Approximate higher-order point groups一项已经显示为Ih,说明GV已经看出来这个分子非常接近Ih,如果这个地方没有Ih,可以调节后面的那个Tolerance,用Losse或者Very loose等,直到GV能认出来,如果放到Do you feel lucky?都没有找到,说明当前结构搭建的太不对称了。
搭建高对称性分子时,在找到了预期的点群之后,一定要点那个Symmetrize,也就是对称化一下,当前的结构才能变为想要的点群。之后再在Current point group后面看到你要的点群符号才算把结构建好了。
我算的C60碳谱不是单峰,该怎么办-1
GV.png

据权威报纸调查,84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历,故应该禁止经营电子游戏。据我们所知,100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历,故制鞋厂应该停业。
6楼2013-12-24 08:19:49
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普通回帖

lkui486

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaoyang1010: 金币+2, ★★★很有帮助, good 2013-12-23 19:31:35
gkf高: 金币+2 2013-12-23 20:00:19
这个也许是对称性的问题。说明你建的模型中的所有C不是完全的等效碳。另外可能得对称性控制!

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2013-12-23 19:23:42
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xiaoyang1010

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lkui486 at 2013-12-23 19:23:42
这个也许是对称性的问题。说明你建的模型中的所有C不是完全的等效碳。另外可能得对称性控制!

我感觉也是这个问题,我在Point Group里查了一下,优化后是Ci对称性,比实际的Ih对称性要低,该加什么命令来对称性控制呢?
3楼2013-12-23 19:30:42
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lkui486

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
xiaoyang1010: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-12-24 10:07:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoyang1010 at 2013-12-23 19:30:42
我感觉也是这个问题,我在Point Group里查了一下,优化后是Ci对称性,比实际的Ih对称性要低,该加什么命令来对称性控制呢?...

似乎在Symm里面得用tight?另外建模得关注一下。

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2013-12-23 19:37:29
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xiaoyang1010

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lkui486 at 2013-12-23 19:37:29
似乎在Symm里面得用tight?另外建模得关注一下。
...

分子模型的话……其实我还优化过比较简单的四甲基硅烷,然后再算碳谱,结果出了四个峰,也不是理论上的单峰
5楼2013-12-23 20:18:17
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xiaoyang1010

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hairan at 2013-12-24 08:19:49
point group不光能查看对称性,也能对分子进行对称化操作。

从GV的模板中拿出来的C60并不是严格对称的,附件图Point Group Symmetry窗口的左上角的对勾点上后,你可以看到
Current point group一项是Ci,说明当 ...

太感谢了!我再试试看!
7楼2013-12-24 10:26:33
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xiaoyang1010

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by hairan at 2013-12-24 08:19:49
point group不光能查看对称性,也能对分子进行对称化操作。

从GV的模板中拿出来的C60并不是严格对称的,附件图Point Group Symmetry窗口的左上角的对勾点上后,你可以看到
Current point group一项是Ci,说明当 ...

你好!我按照你的方法对C60进行对称化操作之后又用#p b3lyp/6-31g* opt=Cartesian freq=noraman 进行了优化,在point group里查看已经是Ih对称性了(附件C60-Ih),然后我又用#p nmr=giao B3LYP/6-311+g(2d,p)来计算碳谱,结果得到的依然不是单峰(附件C60碳谱),是不是我在计算碳谱是也要加什么对称性的命令啊?麻烦帮帮忙啊!
我算的C60碳谱不是单峰,该怎么办-2
C60碳谱.png

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  • 附件 1 : C60-Ih.log
  • 2013-12-27 10:46:17, 688.48 K
  • 附件 2 : 碳谱.log
  • 2013-12-27 10:46:20, 95.43 K
8楼2013-12-27 10:47:45
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2014-01-06 18:26:52
引用回帖:
8楼: Originally posted by xiaoyang1010 at 2013-12-27 10:47:45
你好!我按照你的方法对C60进行对称化操作之后又用#p b3lyp/6-31g* opt=Cartesian freq=noraman 进行了优化,在point group里查看已经是Ih对称性了(附件C60-Ih),然后我又用#p nmr=giao B3LYP/6-311+g(2d,p)来计 ...

你的分子仍然不是对称的,Gaussian软件觉得很接近对称了,但还没有完全对称。附件图片是你的输出文件的截图。
这里面需要注意一点,就是GaussView对称化得到的Ih结构有时候Gaussian并不一定能认出来。
你可以在优化时加上symm=loose,或者不行就用symm=veryloose,这样优化完的结构就应该是完全对称的。着那这个优化的结构去做计算。
我算的C60碳谱不是单峰,该怎么办-3
pg.png

据权威报纸调查,84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历,故应该禁止经营电子游戏。据我们所知,100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历,故制鞋厂应该停业。
9楼2013-12-28 12:20:13
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xiaoyang1010

金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by hairan at 2013-12-28 12:20:13
你的分子仍然不是对称的,Gaussian软件觉得很接近对称了,但还没有完全对称。附件图片是你的输出文件的截图。
这里面需要注意一点,就是GaussView对称化得到的Ih结构有时候Gaussian并不一定能认出来。
你可以在优 ...

太麻烦你了!但是我按照你的方法用#p b3lyp/6-31g* opt=Cartesian freq=noraman symm=loose来优化,得到的结果好像是Ih对称性的(用symm=veryloose得到的结果是一样的),但是我用它再算碳谱,得到的仍然不是单峰。附件是优化和计算碳谱的结果,麻烦再帮我看看啊!看有什么解决方法没,拜托了!
我算的C60碳谱不是单峰,该怎么办-4
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  • 附件 1 : C60-loose.log
  • 2014-01-04 20:49:21, 696.76 K
  • 附件 2 : C60-loose-c.log
  • 2014-01-04 20:49:24, 101.78 K
  • 附件 3 : C60-veryloose.log
  • 2014-01-04 20:49:27, 696.74 K
  • 附件 4 : C60-veryloose-c.log
  • 2014-01-04 20:49:28, 101.17 K
10楼2014-01-04 21:05:28
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