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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何在amber里面添加多个分子？
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jj2006

木虫 (小有名气)

[求助] 如何在amber里面添加多个分子？

要用amber建立一个包含分子A：B：C=10：40：1000的混合盒子体系，但是在建模时使用了addions添加分子B，C到分子A中时出现错误，请教各位高手怎么在盒子里面添加多组分的混合体系，应该用哪个命令进行建模？
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it‘snottimetomakeadecision，it'stimetomakemistakes！
1楼 2011-07-13 18:24:52
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-08-04 20:36:01
jj2006(金币+2): 2011-08-28 15:44:21
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2楼2011-08-04 11:09:49
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2011-08-04 11:09:49:
请问分别是什么分子，addions只能添加单个原子的离子。

a是抗生素，b是功能单体MAA，c是溶剂分子四氢呋喃！
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it‘snottimetomakeadecision，it'stimetomakemistakes！
3楼2011-08-28 15:33:38
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-08-28 22:55:00
jj2006(金币+2): 谢谢，貌似有点高端，还没有到哪个级别！ 2011-10-27 19:47:39
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4楼2011-08-28 20:50:21
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-08-28 22:55:15
jj2006(金币+2): 2011-08-29 14:08:58
初始态文件，要自己建吧
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5楼2011-08-28 22:27:11
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jj2006

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dubo at 2011-08-28 22:27:11:
初始态文件，要自己建吧

谢谢！用别的方法建立好了初始文件，苦于amber始终无法识别
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it‘snottimetomakeadecision，it'stimetomakemistakes！
6楼2011-08-29 14:08:44
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匿名

用户注销 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-08-30 15:56:38
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7楼2011-08-30 13:27:28
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fantastic

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
jj2006(金币+3): thanks！i tried but failed~~ 2011-09-08 20:27:49
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-09-09 15:44:48
you can have a try by using command combine in leap
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8楼2011-09-08 17:49:08
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