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新虫 (正式写手)


[交流] 怎么查到表 达特定蛋白的细胞?

文献中找,是个方法,但是效率太低了?有更好的方法么?
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256k

新虫 (正式写手)


送鲜花一朵
thank you very much
5楼2011-07-09 09:28:47
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gwbk

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★
256k(金币+1):谢谢参与
256k(金币+3): 2011-07-08 16:52:54
西瓜(金币+5, EPI+1): Good! 2011-07-08 19:07:19
其实呢,找到参考文献是比较简单的方法,下面是比较复杂一点的,有可能找出上万条相似序列,很难筛选的。
1,去NCBI上找就可以,比如你要找的蛋白名称是aspartate semialdehyde dehydrogenase,在搜索栏输入“aspartate semialdehyde dehydrogenase”,search选择“protein”。搜索出来的蛋白名称后面有个[ ],比如aspartate semialdehyde dehydrogenase [Bacteroides helcogenes P 36-108],括号里面就是你想要的菌名称。
2,如果你知道序列,也可以通过blast的方法寻找菌株。这个就不用详细介绍了吧。这个方法最准确。
3,去EBI寻找aspartate semialdehyde dehydrogenase,搜索之后,在左侧栏有个分类,什么基因,蛋白啊,很详细。进入in srs以后可以看到Organism source和Taxonomy 等信息。
还有很多数据库可以用。我基本都在这两个库查。
2楼2011-07-08 16:06:49
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256k

新虫 (正式写手)


这个第二种方法,即通过blast还是详细赐教下好不好
3楼2011-07-08 16:53:46
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gwbk

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, EPI+1): 牛啊,视频也可以做。 2011-07-09 08:08:43
我这网速好慢啊~~

这个说起来比较麻烦,干脆做个视频吧~
4楼2011-07-08 20:27:41
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