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新虫 (正式写手)

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[交流] 怎么查到表达特定蛋白的细胞?

文献中找，是个方法，但是效率太低了？有更好的方法么？

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1楼 2011-07-08 13:16:11

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gwbk

木虫 (正式写手)

MolEPI: 54
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★ ★ ★ ★ ★ ★
256k(金币+1):谢谢参与
256k(金币+3): 2011-07-08 16:52:54
西瓜(金币+5, EPI+1): Good！ 2011-07-08 19:07:19

其实呢，找到参考文献是比较简单的方法，下面是比较复杂一点的，有可能找出上万条相似序列，很难筛选的。
1，去NCBI上找就可以，比如你要找的蛋白名称是aspartate semialdehyde dehydrogenase，在搜索栏输入“aspartate semialdehyde dehydrogenase”，search选择“protein”。搜索出来的蛋白名称后面有个[ ]，比如aspartate semialdehyde dehydrogenase [Bacteroides helcogenes P 36-108]，括号里面就是你想要的菌名称。
2，如果你知道序列，也可以通过blast的方法寻找菌株。这个就不用详细介绍了吧。这个方法最准确。
3，去EBI寻找aspartate semialdehyde dehydrogenase，搜索之后，在左侧栏有个分类，什么基因，蛋白啊，很详细。进入in srs以后可以看到Organism source和Taxonomy 等信息。
还有很多数据库可以用。我基本都在这两个库查。