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涌动的泉

铜虫 (知名作家)

[交流] 是密码子使用偏性相关的问题，对这方面了解多的虫虫进来帮帮我啊

认真回帖的虫子，就有机会每个问题拿到10BB。

1.有人说猪的血红素基因的RSCU值为2，这种说法正确吗？RSCU的最大值是什么？

2.有人说猪的血红素基因中的密码子GGA的CAI值是0.75，这种说法正确吗？
CAI的最大值是什么？

第一，二题已有好的答案

3.如何进行手动识别DAMBE未能识别的tRNA序列中的反密码子？

4. 我们可以使用什么信息推论出 tRNA 的反密码子？

5. CAI是用来测量蛋白质－密码子基因的翻译率吗？亮氨酸密码子CUG是第一个具有简并现象的密码子吗？

6. 为什么在富含GC的区域赖氨酸密码子的使用往往相对低于富含AT的区域呢？

7．为什么蛋白质的编码基因转换率比颠换率大呢？

[ Last edited by 涌动的泉 on 2011-7-7 at 08:48 ]

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1楼2011-07-06 15:27:00

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gwbk

木虫 (正式写手)

MolEPI: 54
应助: 0 (幼儿园)
金币: 2293.5
帖子: 529
在线: 186.9小时
虫号: 1320681

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
dhd997(金币+2): 热心鼓励 2011-07-07 07:43:06

密码子使用相对概率(RSCU)是一个同义密码子在一段基因序列中的实际出现频率与其随机出现时理论频率的比值, 其计算公式为:
RSCU(ij)=x(ij)/〔x(i)/n〕
其中, RSCU(ij)是指第i个氨基酸第j个同义密码子的密码子使用相对概率, x(ij)是指第i个氨基酸第j个同义密码子在一个基因中的出现次数, x(i)是指第i个氨基酸在这个基因中的出现次数,这个数字是该氨基酸对应所有同义密码子的出现次数之和； n是指该氨基酸对应的同义密码子种数。

一个基因中只有一个该氨基酸，如丝氨酸、精氨酸、亮氨酸，那么该值为：
RSCU=1/(1/6)=6，为最大值，不管是那个密码子，他的RSCU值都是6。如果条件变化，出现2个该氨基酸，那么，编码该氨基酸的密码子假设不同，
RSCU1=RSCU2=1/(2/6)=3，这样就小了。

不知道算的对不对，望各位大神们赐教~

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小树甲

6楼2011-07-06 21:33:09

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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
涌动的泉(金币+1): 谢谢你能来 2011-07-06 19:13:58
涌动的泉(金币+2): 今天顺利晋级金虫，庆祝一下把剩下的BB都散了，O(∩_∩)O~ 2011-07-27 07:26:32
涌动的泉(金币+5): 2011-07-27 07:29:33

虽然我是猪，但我不了解猪。其它的也很高深，不好意思，辜负了你的期望。

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2楼2011-07-06 18:43:58

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qhuzhl

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 3394.3
帖子: 280
在线: 560.4小时
虫号: 613775

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
涌动的泉(金币+1): 谢谢你能来 2011-07-06 19:14:09
涌动的泉(金币+2): 今天顺利晋级金虫，庆祝一下把剩下的BB都散了，O(∩_∩)O~ 2011-07-27 07:26:41
涌动的泉(金币+5): 2011-07-27 07:29:43

我不了解……O(∩_∩)O~

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3楼2011-07-06 19:08:21

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