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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 是密码子使用偏性相关的问题，对这方面了解多的虫虫进来帮帮我啊
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gwbk

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
涌动的泉(金币+20): 回答的很好，O(∩_∩)O谢谢帮我把第一、二题解决了 2011-07-06 20:31:49
西瓜(金币+3, EPI+1): Good！ 2011-07-06 21:12:55
我来试试前两个~
1，RSCU值是某一特定的密码子在编码对应氨基酸的同义密码子间的相对概率，指的是密码子，不是基因，所以这句话是错的。按照血红素密码子不存在兼并性的假设，该值最大应该是6。.
2，同1，该指数以一组具高表达水平的基因为参考，测量某一个基因的密码子偏好情况和这些高表达基因密码子偏好情况的接近程度，如果一个基因完全使用高表达基因中所用的密码子，则其CAI值为1。该指数所指为基因，非密码子，所以这句话也是错误的。CAI最大应该为1。.

l在此占位，欢迎指正~
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5楼2011-07-06 20:25:13
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cdl007

木虫 (正式写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
涌动的泉(金币+14): O(∩_∩)O谢谢，很有可能是我翻译出错，不是翻译率，是基因的表达水平 2011-07-09 21:17:27
西瓜(金币+5, MolEPI+1): 漏网的EPI被偶逮到了 2011-07-27 09:53:53
先回答第5题
密码子适应指数(Codon adaption index。CAI)该指数以一组具高表达水平的基因为参考，测量某一个基因的密码子偏好情况和这些高表达基因密码子偏好情况的接近程度，如果一个基因完全使用高表达基因中所用的密码子，则其CAI值为1。目前这个指数已被广泛用来预测基因的表达水平。

所以，不是翻译率。翻译率的提法第一次见，。。。lz怎么定义的这个翻译率？

亮氨酸、第一个兼并现象密码子、、楼主的这种提法。。。。
1961年夏天，Nirenberg领导的生化小组合成了碱基尿嘧啶，然后用３个尿嘧啶合成了苯丙氨酸分子，从而确定了Crick所排遗传密码表的第一个密码子的意义：三个尿嘧啶是一个苯丙氨酸的密码子，直到1967年，全套密码子解析完毕。
3联体密码64种组合，编码20种氨基酸，大多数氨基酸都有密码子简并现象。
亮氨酸具有6个简并密码子UUA UUG CUU CUC CUA CUG
，是具有简并密码子最多的之一。是不是第一个发现的具有简并现象的密码子，这个考证不出来。。。估计得找到1967年左右的Nirenberg的文章才好。不过找到了估计也很难排序，他文章应该介绍方法，然后列表表示各种简并密码子，没有顺序。。
以下纯属YY

不过可以从实验推断一下，第一个苯丙氨酸是UUU，下面变的话，理论推断，应该是UUA，UUC，UUG，而亮氨酸简并密码子里有UUA,UUG，从这个角度说，我倒是很相信亮氨酸是第一个被发现具有简并密码子的氨基酸。

[ Last edited by cdl007 on 2011-7-7 at 22:23 ]
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11楼2011-07-07 22:11:20
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