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youcaoke银虫 (著名写手)
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请教一个southern blot问题 已有1人参与
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最近看了一篇文章，用southern来检测某一基因在基因组中的拷贝数，提取基因组后，用三个酶（Eco R1 ， Hind III and Pst I）分别做了酶切，杂交结果为：Eco R1 和Hind III 酶切得到三条杂交带，Pst I酶切得到5条杂交带。 作者作了如下分析： “An examination of restriction sites within the genomic sequence indicated the presence of one Hind III site, three Pst I sites (two of the three fall into the same intron), but no Eco R1 site within the genomic sequence.” “Therefore, if the genome contains a single copy gene, a single band was expected from Eco R1 digestion; two bands were expected from Hind III digestion; and three bands were expected from Pst I digestion.” 如作者所说，基因组中只有一个Hind III site，为什么“two bands were expected from Hind III digestion”？基因组中不含Eco R1 site ，又怎么得到“a single band ”？ 求各位大虾指点！感激不尽！ |
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youcaoke
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3楼2011-07-06 17:04:58
阿修罗Axuro
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silicare(EPI+1): 2011-07-07 17:41:25
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silicare(EPI+1): 2011-07-07 17:41:25
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首先，你要弄清楚一个概念，那就是他说的是基因中有几个酶切位点，而不是基因组。基因组中各个酶的位点都是十分多十分多的。 他的意思是他的目的基因中不含ECOR1，那么他的目的基因的序列是不会被切断的，而切断的是目的基因外的基因组，假设目的基因叫A，那么A的前面和后面一定会有ECOR1的酶切位点，只是A的里面没有，那么酶切后，A就是一个完整的片段，经过与A相匹配的探针杂交，只能得到A这个片段的一条带。 同理，A中间含有HIND3，那么A前面和后面的HIND3会将A切成一条片段，而A中间的HIND3又会将A切断，把A切成了两段，杂交时，探针会与这两段去杂交，结果得到两条带。 |
2楼2011-07-06 11:21:32
阿修罗Axuro
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4楼2011-07-07 11:28:12
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