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sanmiao

木虫 (正式写手)

[交流] 氨氧化细菌PCR问题

氨氧化细菌PCR什么条件啊，我pCR时50度，55度，60度都试过，但是都没有P出过来啊！

我做的是土壤DNA，DNA是试剂盒提取的，做氨氧化古菌的时候条带非常亮！！！但是就是氨氧化细菌做不出来啊！

不知道其他人有没有做这个的啊，给点建议，谢谢啊！！！

[ Last edited by sanmiao on 2011-6-26 at 14:54 ]
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1楼 2011-06-25 15:32:42
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天使托

专家顾问 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
sanmiao(金币+1):谢谢参与
dhd997(金币+4, EPI+1): 2011-06-25 16:49:35
PCR这个跟你的菌没有什么关系，关键是看你的引物的退火温度如何，两个引物的TM值之和减去5，然后再上下各做几个温度梯度看看哪一个温度下P出来的条带最亮以后就选择那个退火温度了；
其实PCR的效果跟跟多因素有关系：模板 引物 退火温度 延伸时间 体系等等。。。。

不过祝你好运！
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2楼2011-06-25 15:40:30
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xuj2007

木虫 (正式写手)
★
sanmiao(金币+1):谢谢参与
一多看一下 外文文献，二看一些你PCR的引物是自己设计的还是文献中的，质量怎么样。 不行自己重新设计。
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4楼2011-06-25 16:18:58
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
sanmiao(金币+1):谢谢参与
你的菌是怎么处理的？直接菌落PCR？详细说下吧。
样品没处理好，DNA没释放出来，或者被降解掉，这也是可能的原因。
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5楼2011-06-25 18:10:58
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jinger_qd

木虫 (正式写手)
★
sanmiao(金币+1):谢谢参与
要把你的实验条件讲得详细一些，才能得到有用处的帮助啊。这样写大家也只能是泛泛而谈，没有针对性的。
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6楼2011-06-26 14:45:12
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bear0329

金虫 (正式写手)
★
sanmiao(金币+1):谢谢参与
具体操作步骤如何？PCR本身很敏感，一些细小的环节没做好都可能扩不出，祝你好运
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7楼2011-06-26 16:20:25
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翰章

新虫 (小有名气)
★
sanmiao(金币+1):谢谢参与
(Rotthauwe et al. 1997)这篇文章里的条件应该是可以的，我做的也是土壤，P出来的效果很好
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8楼2011-07-15 14:59:47
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xw111202105

铁虫 (初入文坛)
★
sanmiao(金币+1): 谢谢参与
你用的是什么引物啊   我和你的情况正好相反啊   我古菌p不出来    细菌效果很好呢   古菌你用的啥引物    急
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9楼2013-01-23 15:07:32
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xw111202105

铁虫 (初入文坛)
还在做古菌吗   条件能告诉我吗
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10楼2013-01-23 15:09:17
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sanmiao

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2475042楼: Originally posted by xw111202105 at 2013-01-23 15:09:17
还在做古菌吗   条件能告诉我吗

现在不做了，我以前做的时候是，引物基本上都是一样的引物，就是文献中常用的，因为环境样品中的AOA比AOB多很多，所以好P，退火55度！！！
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11楼2013-01-23 15:18:45
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秋之静美

新虫 (初入文坛)
★
sanmiao(金币+1): 谢谢参与
求PCR条件
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12楼2014-07-30 10:37:22
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浅溪

铁虫 (小有名气)
★
sanmiao(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
9楼: Originally posted by xw111202105 at 2013-01-23 15:07:32
你用的是什么引物啊   我和你的情况正好相反啊   我古菌p不出来    细菌效果很好呢   古菌你用的啥引物    急

古菌我也P出来了，不过细菌没有？请教下氨氧化细菌的引物及程序？
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13楼2014-11-25 19:13:24
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837502131

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by xw111202105 at 2013-01-23 15:07:32
你用的是什么引物啊   我和你的情况正好相反啊   我古菌p不出来    细菌效果很好呢   古菌你用的啥引物    急

请问你氨氧化细菌pcr的具体体系和程序是什么呢？最好是带GC夹的，我的细菌p不出来，古菌好好的
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14楼2014-11-25 19:34:54
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岁月静好!

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 翰章 at 2011-07-15 14:59:47
(Rotthauwe et al. 1997)这篇文章里的条件应该是可以的，我做的也是土壤，P出来的效果很好

你把这篇文献给我吗？我还想要一下AOB的PCR条件
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15楼2015-06-01 17:56:56
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6931375463楼
2011-06-25 16:02   回复  
sanmiao(金币+1):谢谢参与
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