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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » NCBI上面怎么提交微生物16S序列？
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little404

金虫 (小有名气)

[求助] NCBI上面怎么提交微生物16S序列？

最近一直提交不上去，不知道什么原因，需要FASTA file，能不能给我一份模板啊？
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1楼 2011-06-17 10:08:49
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凯乐傲君

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 西瓜 at 2011-06-19 12:17:49
Example of a simple FASTA file

> seq1 This is the description of my first sequence.
AGTACGTAGTAGCTGCTGCTACGTGCGCTAGCTAGTACGTCA
CGACGTAGATGCTAGCTGACTCGATGC
> seq2 This is a description of my sec ...

您好 我想问一下 在上传序列到genbank时候 在哪填写采集地点等  求指教  急！！！  谢谢啦
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5楼2014-09-17 22:32:35
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805291437

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
1949stone(金币+1): 鼓励 2011-06-17 12:41:00
little404(金币+15): 谢谢您！ 2011-08-28 08:14:17
这个需要FAST格式，也就是前面得有＞开头，你可以到NCBI上去搜搜FAST是什么格式，然后再试试看
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2楼2011-06-17 12:18:41
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含笑天天

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励 2011-06-19 12:15:01
little404(金币+15): 谢谢您！ 2011-08-28 08:14:07
所谓fasta格式，就是在基因名称前加个大于号。你可以在ncbi上找到一个已有的16S你就比葫芦画瓢，参考每一项来来填就行，按照在线提交那种格式。
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虫虫虫虫
3楼2011-06-19 10:48:55
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

little404(金币+20): 谢谢您！ 2011-08-28 08:13:17
Example of a simple FASTA file

> seq1 This is the description of my first sequence.
AGTACGTAGTAGCTGCTGCTACGTGCGCTAGCTAGTACGTCA
CGACGTAGATGCTAGCTGACTCGATGC
> seq2 This is a description of my second sequence.
CGATCGATCGTACGTCGACTGATCGTAGCTACGTCGTACGTAG
CATCGTCAGTTACTGCATGCTCG

也可以看这个详细的：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blastcgihelp.shtml
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4楼2011-06-19 12:17:49
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