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rock0927

铁虫 (正式写手)

[求助] 分子结构优化

将两个反应物画在gaussian view里,然后进行结构优化可以吗?我计算的时候总是出现错误,求指导。
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

rock0927(金币+2): 谢谢 2011-06-12 19:10:46
将两个反应物画在gaussian view里,然后进行结构优化是可以的。它是反应的初始起点。

计算的时候总是出现错误,因没有贴出相关文件,可能性太多,很难说是什么原因。

首先两个反应物位置放得不对。
其次两个反应物放在一起,它们有各种作用,如果仅是范德华力,要考虑包含电子相关的计算方法,如G09中的b97d之类。
2楼2011-06-12 15:49:32
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rock0927

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2011-06-12 15:49:32:
将两个反应物画在gaussian view里,然后进行结构优化是可以的。它是反应的初始起点。

计算的时候总是出现错误,因没有贴出相关文件,可能性太多,很难说是什么原因。

首先两个反应物位置放得不对。
其次两 ...

非常感谢你的回答,我的反应是丙烷碳正离子与丙烯的反应,碳正离子攻击双键碳原子,要算反应的过渡态,现在是想将反应物进行结构优化,最后出现的错误是 link died, 没有优化成功。

3楼2011-06-12 19:10:10
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rock0927

铁虫 (正式写手)

高人再给我指点一下啊
4楼2011-06-13 08:58:43
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

rock0927(金币+1): 谢谢 2011-06-13 11:10:43
构型貌似没搭错,把输出文件最后的具体错误信息贴出来呀。link died太抽象了。
轮回的过往,注定的未来;独孤的行者,孤独的路途……
5楼2011-06-13 10:24:22
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ice625

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

不能放在一起吧,反应物应该单独优化,把优化好的两个结构放在一起做的应该是过渡态优化

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
没有一颗心会因为追求自己的梦想而受伤!
6楼2011-06-13 10:40:49
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rock0927

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-06-13 10:24:22:
构型貌似没搭错,把输出文件最后的具体错误信息贴出来呀。link died太抽象了。

我输入的文件是
%chk=E:\gaussian\calculation\c3c3\1.chk
%mem=6MW

#T RHF/6-31G(d) Opt Test

reactant

0 2
C                  0.06735864   -0.76970904   -0.62111435
H                 -0.11569932   -0.62705807   -1.66564318
H                 -0.20598915    0.11615528   -0.08686216
H                  1.10616345   -0.97372046   -0.46566688
C                 -0.77086082   -1.95637869   -0.11042537
H                 -0.71284328   -2.24678131    0.91777708
C                 -1.58172344   -2.63410329   -0.95881104
H                 -2.07919676   -3.41798387   -0.42687915
H                 -2.30845274   -1.96437347   -1.36896530
H                  0.40907944   -3.59327904   -2.37308325
C                 -0.03634820   -3.09853305   -1.53539559
H                 -0.98055444   -2.68684555   -1.82502982
H                  0.60814395   -2.31241579   -1.20140527
C                 -0.24606686   -4.11041246   -0.39359082
H                  0.69813904   -4.52210088   -0.10395680
C                 -1.17365424   -5.24183320   -0.87428693
H                 -1.31781169   -5.94590659   -0.08157054
H                 -2.11852062   -4.83037902   -1.16209415
H                 -0.72912263   -5.73533065   -1.71318616

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5 6 1.0 7 2.0
6
7 8 1.0 9 1.0
8
9
10 11 1.0
11 12 1.0 13 1.0 14 1.0
12
13
14 15 1.0 16 1.0
15
16 17 1.0 18 1.0 19 1.0
17
18
19

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5 6 1.0 7 2.0
6
7 8 1.0 9 1.0
8
9
10 11 1.0
11 12 1.0 13 1.0 14 1.0
12
13
14 15 1.0 16 1.0
15
16 17 1.0 18 1.0 19 1.0
17
18
19

最后出现的结果是:
Rotational constants (GHZ):      8.2517924      2.2549388      2.1280543
   116 basis functions,   220 primitive gaussians,   116 cartesian basis functions
    25 alpha electrons       24 beta electrons
       nuclear repulsion energy       266.0872330984 Hartrees.
NAtoms=   19 NActive=   19 NUniq=   19 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 Big=F
RHF requested, but multiplicity is not 1.
Error termination via Lnk1e in d:\gaussian\l401.exe at Mon Jun 13 11:08:26 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  1.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     12 Int=      0 D2E=      0 Chk=      4 Scr=      1
7楼2011-06-13 11:12:49
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flowerge

禁虫 (小有名气)

★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-06-13 12:04:08
rock0927(金币+1): 谢谢 2011-06-13 12:29:19
本帖内容被屏蔽

8楼2011-06-13 11:17:16
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rock0927

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by flowerge at 2011-06-13 11:17:16:
你电荷是0,多重度是2,应该用UHF,不能用RHF

但是你说的碳正离子,应该是电荷1,多重度1吧?

电荷是1,多重度也是1的话,是用RHF吗
9楼2011-06-13 12:30:34
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