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fungicide

铁虫 (小有名气)

[求助] 求助对接问题

鄙人刚刚接触对接，用的是sybyl的surflex,但遇到两个问题。1）在能量优化时，怎么判断小分子的能量已经最低化了呢，我设定的优化次数为1000次，反复优化次数不同，为什么对接的结果相差很大？2）因为我的活性空腔里，有金属离子，而我的小分子是金属螯合剂，所以，我在选择活性区域时，选择金属离子，半径为5-10埃为活性空腔，但我发现选择的半径不一样，对接的结果天壤之别，在对接的时候，是不是要constrain?怎么操作呢？因为参考文献，我知道分子应该是什么样的orient。请各位不吝赐教！！！
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1楼2011-06-04 01:59:28
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icedreamer

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-07-01 20:06:58
我在做小分子的优化时，如果真是达到最低能量，那再优化多少步，其能量值不会降低的，也就证明了确实达到了能量最低状态，出现你描述的状况，可能是优化时参数设置不正确~
对接的时候，Threshold和Bloat这两个值的选取对对接结果影响很大，你应该查阅相关文献，确定对接位点，若交给计算机自动搜索结合位点，结果基本就是浮云了，所以对接前弄清结合位点是非常重要的~
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2楼2011-07-01 16:20:13
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家强

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-07-14 20:00:26
我也在sybyl中做过对接，小分子你不要反复优化，你设定的是1000,1000之后就是能量最低了，蛋白准备中Threshold和Bloat这两个值的选取是有规定的，特别是含有金属的，这个你要查一下
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3楼2011-07-13 15:57:45
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fungicide

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 家强 at 2011-07-13 15:57:45:
我也在sybyl中做过对接，小分子你不要反复优化，你设定的是1000,1000之后就是能量最低了，蛋白准备中Threshold和Bloat这两个值的选取是有规定的，特别是含有金属的，这个你要查一下

查了几篇对接的文章都没有特别交代关于Threshould和Bloat值设置的，应该去哪里查呢？
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4楼2012-02-16 11:03:02
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