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求助对接问题
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| 鄙人刚刚接触对接，用的是sybyl的surflex,但遇到两个问题。1）在能量优化时，怎么判断小分子的能量已经最低化了呢，我设定的优化次数为1000次，反复优化次数不同，为什么对接的结果相差很大？2）因为我的活性空腔里，有金属离子，而我的小分子是金属螯合剂，所以，我在选择活性区域时，选择金属离子，半径为5-10埃为活性空腔，但我发现选择的半径不一样，对接的结果天壤之别，在对接的时候，是不是要constrain?怎么操作呢？因为参考文献，我知道分子应该是什么样的orient。请各位不吝赐教！！！ |
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