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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 用AutoDock对接的结合能较小,可能是什么原因?

求教各位高手:
      我用AutoDock 4.2进行分子对接,对接的binding energy只有-4到-5kcal/mol,问题可能处在那里呢,要做哪些调整呢?我看到文献中的对接能一般在-10kcal/mol左右。一般情况下,对接能达到什么值才比较有意义?

      拜谢!
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lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by tristan9362 at 2011-06-22 10:53:57:
这个里面能量的绝对值不是太重要,你要对实验数据和docking得到的结果线性拟合,找到一个合适的protocol(docking时候的protocol选择性较大)然后对你的未知物才能进行很好的预测--老板今天才跟我讲的。。现在在 ...

呵呵,谢谢!

感觉你说的好高深啊,我了解的太少了,不大懂,会照着你的提示再学习啊!

再次感谢!
5楼2011-06-22 15:19:59
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lily_llf(金币+2): 简明清晰,谢谢! 2011-05-25 14:18:54
御剑江湖(金币+3): good! 2011-06-22 18:48:39
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-24 20:29:14:
求教各位高手:
      我用AutoDock 4.2进行分子对接,对接的binding energy只有-4到-5kcal/mol,问题可能处在那里呢,要做哪些调整呢?我看到文献中的对接能一般在-10kcal/mol左右。一般情况下,对接能达到什么 ...

1.AD本身的打分函数未必准确,不一定适合你的体系
2.配体本身的初始结构未必合理,可以以多种初始配体结构进行尝试
3.引用昨天在群里看到的一句话,达到-10的亲和能力都在nmol级别的~-4~-5未见得不能作用
2楼2011-05-25 09:44:15
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lily_llf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-25 09:44:15:
1.AD本身的打分函数未必准确,不一定适合你的体系
2.配体本身的初始结构未必合理,可以以多种初始配体结构进行尝试
3.引用昨天在群里看到的一句话,达到-10的亲和能力都在nmol级别的~-4~-5未见得不能作用

谢谢!
3楼2011-05-25 14:19:19
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tristan9362

银虫 (初入文坛)

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): good! 2011-06-22 18:48:55
这个里面能量的绝对值不是太重要,你要对实验数据和docking得到的结果线性拟合,找到一个合适的protocol(docking时候的protocol选择性较大)然后对你的未知物才能进行很好的预测--老板今天才跟我讲的。。现在在筛选protocol中。。
化学好像不是我的唯一出路....
4楼2011-06-22 10:53:57
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