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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用autodock计算结合能（结合oniom方法）
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helitrope

新虫 (小有名气)

[交流] 用autodock计算结合能（结合oniom方法） 已有1人参与

大家好，autodock方法可以对对接的结果进行打分。
但是如果我有一个配体，我已经知道这个配体结合在蛋白上的准确结构（oniom方法），现在我只想计算这个准确结构用autodock打分是多少？请问可不可以实现这种想法？
还有就是：请问哪一种对接软件打分最准确？因为我能够求得配体分子的准确构型，只想计算这个结构结合上以后的结合能的大小.
不好意思，我不准备用oniom中的能量来比较结合能的大小。
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helitrope

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1楼 2011-09-26 11:16:40
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langlee

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-28 09:38:27
对接软件的打分都不是很准确，是个参考值。不了解oniom，如果它计算的结合结构是准确的，那它的能量应该更靠谱才对呀。不过我的想法是，计算方法很难讲结果是准确的。如果你需要autodock打分，不妨跑个对接，也是个参考。如果跟oniom的结构很接近，你的目标就实现了；如果对接之后小分子跑掉了，你正好可以检查一下oniom的计算。
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2楼2011-09-27 16:28:01
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helitrope

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
恩，呵呵，谢谢你！
因为我的结构是c-c=c-c=c-c=c-c=c-这样的结构，因此用autodock跑出来的结果扭曲到不行了！和晶体结构相差太远了。请问遇到这种情况是不是需要将共轭多烃的单键限制住才可以？
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3楼2011-09-27 21:05:15
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