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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？
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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？

求教各位高手：
      我用AutoDock 4.2进行分子对接，对接的binding energy只有-4到-5kcal/mol，问题可能处在那里呢，要做哪些调整呢？我看到文献中的对接能一般在-10kcal/mol左右。一般情况下，对接能达到什么值才比较有意义？

      拜谢！
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1楼 2011-05-24 20:29:14
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lily_llf(金币+2): 简明清晰，谢谢！ 2011-05-25 14:18:54
御剑江湖(金币+3): good！ 2011-06-22 18:48:39
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-24 20:29:14:
求教各位高手：
      我用AutoDock 4.2进行分子对接，对接的binding energy只有-4到-5kcal/mol，问题可能处在那里呢，要做哪些调整呢？我看到文献中的对接能一般在-10kcal/mol左右。一般情况下，对接能达到什么 ...

1.AD本身的打分函数未必准确，不一定适合你的体系
2.配体本身的初始结构未必合理，可以以多种初始配体结构进行尝试
3.引用昨天在群里看到的一句话，达到-10的亲和能力都在nmol级别的~-4~-5未见得不能作用
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-05-25 09:44:15
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-05-25 09:44:15:
1.AD本身的打分函数未必准确，不一定适合你的体系
2.配体本身的初始结构未必合理，可以以多种初始配体结构进行尝试
3.引用昨天在群里看到的一句话，达到-10的亲和能力都在nmol级别的~-4~-5未见得不能作用

谢谢！
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3楼2011-05-25 14:19:19
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tristan9362

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): good！ 2011-06-22 18:48:55
这个里面能量的绝对值不是太重要，你要对实验数据和docking得到的结果线性拟合，找到一个合适的protocol（docking时候的protocol选择性较大）然后对你的未知物才能进行很好的预测－－老板今天才跟我讲的。。现在在筛选protocol中。。
赞一下(2人) 回复此楼
化学好像不是我的唯一出路....
4楼2011-06-22 10:53:57
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tristan9362 at 2011-06-22 10:53:57:
这个里面能量的绝对值不是太重要，你要对实验数据和docking得到的结果线性拟合，找到一个合适的protocol（docking时候的protocol选择性较大）然后对你的未知物才能进行很好的预测－－老板今天才跟我讲的。。现在在 ...

呵呵，谢谢！

感觉你说的好高深啊，我了解的太少了，不大懂，会照着你的提示再学习啊！

再次感谢！
赞一下 回复此楼
5楼2011-06-22 15:19:59
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倚天舰

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tristan9362 at 2011-06-22 10:53:57:
这个里面能量的绝对值不是太重要，你要对实验数据和docking得到的结果线性拟合，找到一个合适的protocol（docking时候的protocol选择性较大）然后对你的未知物才能进行很好的预测－－老板今天才跟我讲的。。现在在 ...

能详细说说吗？
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6楼2011-07-09 22:41:55
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renxudong

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-07-11 12:20:42
这个没什么，只要和实验的查不到2kcal/mol，你就可以在其中找优势构象，
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坚持
7楼2011-07-10 21:22:39
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by renxudong at 2011-07-10 21:22:39:
这个没什么，只要和实验的查不到2kcal/mol，你就可以在其中找优势构象，

多谢点拨啊！
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8楼2011-07-11 09:24:28
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