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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？
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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？

求教各位高手：
      我用AutoDock 4.2进行分子对接，对接的binding energy只有-4到-5kcal/mol，问题可能处在那里呢，要做哪些调整呢？我看到文献中的对接能一般在-10kcal/mol左右。一般情况下，对接能达到什么值才比较有意义？

      拜谢！
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1楼 2011-05-24 20:29:14
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lily_llf(金币+2): 简明清晰，谢谢！ 2011-05-25 14:18:54
御剑江湖(金币+3): good！ 2011-06-22 18:48:39
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-05-24 20:29:14:
求教各位高手：
      我用AutoDock 4.2进行分子对接，对接的binding energy只有-4到-5kcal/mol，问题可能处在那里呢，要做哪些调整呢？我看到文献中的对接能一般在-10kcal/mol左右。一般情况下，对接能达到什么 ...

1.AD本身的打分函数未必准确，不一定适合你的体系
2.配体本身的初始结构未必合理，可以以多种初始配体结构进行尝试
3.引用昨天在群里看到的一句话，达到-10的亲和能力都在nmol级别的~-4~-5未见得不能作用
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-05-25 09:44:15
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