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潇乾魂

金虫 (小有名气)

[求助] 琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物出现杂带

我的土壤样品扩展甲烷氧化功能基因A189f-mb661b,退火温度都已经达到60°C,但还是会出现杂带,大概2000kb左右,我一直没有搞明白到底怎么回事?我做过对照,拿纯菌做,没有问题。请高手帮忙解答,谢谢!
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
潇乾魂(金币+5): 2011-05-25 17:17:32
amisking(EPI+1): 鼓励应助 2011-05-25 19:52:59
amisking(金币+5): 鼓励应助 2011-05-25 19:53:08
引用回帖:
Originally posted by 潇乾魂 at 2011-05-25 13:20:58:
附件图就是,出现很多,那时的退火温度是55度,升到60度后还有一些,谢谢了

你的marker在哪里?目的条带有多大?杂带是有点多。。。
首先温度梯度是这样设计的,先看看你两条引物的Tm值,之和然后除以2;比如算下来是55度,可以上下各扩4度,比如设5个梯度,可以是51 53 55 57 59,当然了温度梯度的间距可以小一些(退火温度不是乱设置的);

你可以按照我说的做一下,看看哪一个温度下条带最亮,杂带最少,那么就选用此温度大量进行PCR吧。。。
Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
9楼2011-05-25 15:53:01
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查看全部 17 个回答

jjxcz

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
1949stone(金币+2): 鼓励 2011-05-24 15:33:49
潇乾魂(金币+3): 我试试吧 2011-05-25 13:16:05
做个T-down PCR看下,设定退火温度55-65,每个循环降0.5度,祝你好运!
2楼2011-05-24 15:04:38
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yabxxh

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
1949stone(金币+2): 支持上图 2011-05-24 15:34:11
潇乾魂(金币+1): 2011-05-26 16:45:23
哥们,电泳图贴出来先,不然没法分析,
3楼2011-05-24 15:33:22
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天使托

专家顾问 (职业作家)

T.Shen

【答案】应助回帖


amisking(金币+1): 你可以做专家顾问 2011-05-24 21:10:04
潇乾魂(金币+2): 2011-05-26 10:30:50
设置一个温度梯度
是非特异性条带太多了,当然了也可以进行切胶纯化的。。。
Whenever,Wherever,Anyway!MustRemember:Fight!KeepFighting!NeverGiveUp!
4楼2011-05-24 17:00:13
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