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hbzxyyj

新虫 (初入文坛)

[求助] 请求指教:相同引物相同条件下出现疑似非特异性扩增

这是下午刚出的PCR图:
     用的是2%的琼脂糖凝胶,DNA marker I,130 V的电压条件下跑了27 min,PCR的退火温度是48度。
   所需要的目标链长度为515 bp,几个月前课题组有做过相同的引物相同的模板(都是提取的同一纯系菌种的DNA),得到了很好的效果。今天用相同的引物在与之前相同的条件下(退火温度48度)做过几遍,结果发现都是在700 bp左右出现亮带。提高退火温度后(48°C,50°C,55°C),依然是在700 bp左右出现亮带。
  现有以下两个疑惑:
1. 700 bp附近出现的亮带是否可能是目标链?如果是,是什么因素影响了它偏离了marker的指示条带?(下午新换的电泳液(1×TAE),胶也是新制的)
2. 如果700 bp附近不是目标链,为什么非特异性扩增会这么明显?
  
   请各位大侠不吝赐教,小虫在这先感谢各位了。
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我相信自己能做好!
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新人小玥

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

首先,您请注意MARKER是否没有问题。
其次,请与以前电泳图片对照一下,有没有条带差异,几条非特异性条带是否都存在,仅仅是亮度差异问题。
再次,换酶、buffer、Mg2+等试剂,重新P一下看是否还是这样?

如果都没有问题,那就要考虑在DNA提取的时候会不会出现问题了。
不过自我认为,您可以将这700多bp的条带拿去测序,得到测序结果比对一下就什么都清楚了。
2楼2011-05-01 09:26:15
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hc1027

木虫 (正式写手)

测序最靠谱
3楼2011-05-01 17:52:55
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